Recenzja nowej książki Davida Quammena o drzewach ewolucyjnych (i porównanie z innymi recenzjami)

Tezą książki Quammena jest, że „drzewo życia” nie przypomina drzewa, a jest tak z powodu symbiogenezy (np. utworzenia eukariotycznych komórek, które nabyły mitochondria i chloroplasty przez wchłonięcie i używanie innych mikrobów) oraz – głównie – z powodu „horyzontalnego transferu genów” (HGT): przechodzenia DNA między niespokrewnionymi organizmami.

Poza tą teza protagonistą Quammena jest Carl Woese, który odkrył, że życie obejmuje trzy odrębne domeny: bakterie, archeony i eukarionty. Ponieważ książka składa się z kilku różnych historii, skoncentrowałem się na tym, co wydaje się być główną tezą Quammena: że drzewo życia po prostu jest „błędne” (jego słowa) i że rozwoju życia nie można przedstawiać jako drzewo. The Tangled Tree należy do gatunku książek “Darwin mylił się”.

Nie zgadzam się z ”nierzeczywistością” metafory drzewa, szczególnie dla eukariontów, gdzie założenie rozgałęziających się drzew działa dobrze w rekonstrukcji historii gatunku, mimo okazjonalnych przesunięć genów między gałęziami. Także w sprawie mikrobów Quammen niezupełnie ma rację: choć HGT jest częstsze wśród mikrobów niż eukariontów, ten transfer nie zatarł, na przykład, filogenetycznego pokrewieństwa między bakteriami i, oczywiście, nie przeszkodził Woesemu w odkryciu – przez DNA i biochemię – że archeony są odrębną „domeną” od dwóch pozostałych. Z ograniczeniem do 1200 słów musiałem w zasadzie zignorować sprawę symbiogenezy i odkrycia Woese’a, żeby skupić się na głównej tezie książki - rzekomo błędnej analogii z drzewem, użytej by książkę lepiej sprzedać. 

Możecie sami przeczytać moją recenzję. Dodam tylko jedna poprawkę do niej. Napisałem tam:

Co jeszcze bardziej niezwykłe, bardziej złożone gatunki potrafią po prostu wcielić  geny ze środowiska. Mikroskopijne wrotki, na przykład, odwadniają się w suchych warunkach; kiedy nawadniają się ponownie, absorbują wodę, która zawiera odcinki DNA z pobliskich gatunków, a więc wrotki mogą być pełne „znalezionych” fragmentów DNA z grup takich jak grzyby i rośliny.

Okazuje się teraz, że historia wrotków wcale nie jest przypadkiem HGT, ale zanieczyszczeniem przez DNA innych gatunków podczas sekwencjonowania. Ujawniono to w artykule opublikowanym w „Current Biology” 6 sierpnia, o którym nie wiedziałem, kiedy mój artykuł poszedł do druku (dziękuję Matthew Cobbowi za wskazanie mi go). A więc także ten słynny przykład HGT jest błędny. Niektórzy biolodzy uważają, że większość dowodów na HGT u eukariontów jest wynikiem zanieczyszczenia tego typu, ale ja pozostaję otwarty. Wiemy już, jak powiedziałem, że HGT nie jest wystarczająco częsty u organizmów wielokomórkowych, by wymazać ich pochodzenie ewolucyjne.

Chcę powiedzieć kilka słów o innych recenzjach z książki Quammena. Dwie pierwsze są z „New York Times”. Pierwsza z nich to recenzja Parul Seghal (https://www.nytimes.com/2018/08/07/books/review-tangled-tree-david-quammen.html).

Seghal jest krytykiem literackim i to widać; pisze ona o książce jako o literaturze (podoba jej się), ale nie dotyka nauki. W rzeczywistości przyznaje, jeśli nie wręcz chlubi się, swoją ignorancją na temat nauki:

W 1977 r. Woese i jego koledzy z University of Illinois ogłosili odkrycie „trzeciej domeny” życia – jednokomórkowych mikrobów, które nazwali archeonami -  genetycznie odrębnymi od tego, co uważano za tylko dwie linie rodowe życia: prokarionty, które obejmują bakterie, i eukarionty, które obejmują rośliny i zwierzęta. (W porządku, mogłam nie zauważyć także tej notatki.) 

Nie zauważyć tej "notatki"? Jeśli wiesz cokolwiek o biologii, wiesz o archeonach. A jeśli nie wiesz, nie powinnaś pisać recenzji z tej książki. A dalej jest to:

Ale ta nowa wiedza – że genetycznie jesteśmy mozaiką – kwestionuje naszą koncepcję ludzkiej tożsamości. Co to znaczy być „jednostką”, jeśli jesteśmy tak kompozytowymi stworzeniami?

Quammen podnosi te egzystencjalne pytania i pędzi dalej; jak Biały Królik galopuje przez pewne fragmenty w szalonym pędzie. Chce nas przeprowadzić przez taką ilość faktów „jak zamieć w Montanie”; musi przedstawić nam oszałamiający szereg naukowców. (Proszę, nie pytajcie mnie, czy potrafię odróżnić Nortona Zindera od Oswalda Avery’ego.)

To jest tylko obnoszenie się z ignorancją, żeby usprawiedliwić niemożność dyskutowania o nauce. To jest właściwie żenujące. I rzeczywiście nie pojmuje ona nauki: nie ma ani słowa o tym, czy koncepcja drzew ewolucyjnych jest, jak twierdzi Quammen, bezużyteczna.  Recenzja Seghal jest modelem pokazującym, dlaczego recenzentami książek naukowych powinni być albo naukowcy, albo ludzie, którzy sporo wiedzą o naukowych kwestiach, które omawiają.

Z drugiej strony, Erika Hayden ma kwalifikacje do recenzowania tej książki: jest dziennikarką piszącą o nauce i dyrektorką Science Communication Program na University of California, Santa Cruz. Jej recenzja jest lepsza niż recenzja Sehgal, choć ona także nie rozważa dowodów na istnienie drzew ewolucyjnych; przyjmuje wnioski Quammena za dobrą monetę.

Hayden ma jednak własną pretensję: widzi książkę jako antyfeministyczną:

Jeśli jednak Quammen chce, by jego książka była ponadczasowa, jego proza chwilami  ryzykuje, że będzie przestarzała. Książka obejmuje niemal trzy stulecia i wspomina nazwiska ponad 160 naukowców. Z nich, jak policzyłam, tylko 11 to kobiety, a Quammen często lekceważy ich naukowe kwalifikacje i osiągnięcia, i przedstawia je jako dodatki do mężczyzn w opowieści.  

Na przykład, Lynn Margulis fundamentalnie zrewidowała nasze pojęcie eukariotycznej rewolucji, wyjaśniając, jak natura najbardziej złożonych komórek, włącznie z naszymi, powstała, kiedy prostsze komórki połączyły się. Jest ona jedynym naukowcem-kobietą, która otrzymuje znaczącą przestrzeń w książce Quammena. Dowiadujemy się jednak równie wiele o jej ciążach, macierzyństwie i małżeństwach, co o jej nauce.

W odróżnieniu od tego Quammen nie poświęca równie dużo czasu na badanie uwarunkowań rodzinnych  męskich naukowców. Jest to klasyczne oblanie testu  Finkbeiner, sformułowanego przez dziennikarkę Christie Aschwanden, który zakłada, że płeć kobiety-naukowca nie jest jej najważniejszą cechą. Jeśli życie rodzinne naukowców jest ważne, dziennikarze powinni pisać o rodzinach męskich i żeńskich naukowców. Inaczej utrwalamy stereotyp, że główną odpowiedzialnością kobiety-naukowca jest dbanie o rodzinę, podczas gdy mężczyźni powinni być oswobodzeni od takich przyziemnych trosk w pogoni za nauką.

Jeśli chodzi o brak równowagi między męskimi i żeńskimi naukowcami, to po prostu odzwierciedla to sytuację w czasach, kiedy wykonywali tę pracę. W tym sensie książka jest przestarzała, ale nie niesłuszna.

Przeczytałem ponownie te urywki, jak również ten o Margulis, żeby zobaczyć, czy Hayden ma rację i uznałem, że jej nie ma. Praca Margulis jest omówiona szczegółowo i zajmuje znacznie więcej miejsca niż kilka zdań o jej rodzinie, włącznie z jej małżeństwem z Carlem Saganem. (Żony męskich naukowców także nie są ignorowane i nie uważam, by naukowcy-kobiety, często chwalone w książce, były zbywane byle czym.) Krótka zmianka Quammena o rodzinie Margulis miała na celu jedynie pokazanie, że wykonała wiele pracy, kiedy była samotną matką trojga dzieci i miała jeszcze jedną pracę. Celem było chwalenie jej osiągnięć podczas trudnego okresu w jej życiu. (Oczywiście, Margulis  była problematyczna z innych powodów: należała do wyznawców „Prawdy o 9/11” i pchała swoją teorię symbiogenezy dużo dalej niż powinna była. Wraz ze swoim synem napisała książkę o specjacji, która była tak zła, że jest jedyną książką, której zrecenzowania odmówiłem.) Ogólnie więc nie zgadzam się z Hayden, która oskarża autora o seksizm, ale przeczytajcie i osądźcie sami.  

Kolejna recenzja jest z „New Republic”.  Gaffney przedstawia się jako ”lekarz i autor, który skupia się na strategii, polityce i historii opieki zdrowotnej. Jest wykładowcą medycyny w Harvard Medical School i lekarzem pulmonologiem i intensywnej opieki medycznej w Cambridge Health Alliance.”

Recenzja Gaffney’a  jest dobra jako informacja o tym, o czym jest ta książka. Brakuje jej jednak oceny tezy Quammena  i mówi tylko to (obok dużego fragmentu o transferze oporności na antybiotyki przez HGT między bakteriami):

W ostatecznym rachunku Drzewo Życia jest tylko metaforą, ale myślę, że ładną: wiąże nas z liniami rodowymi wszystkich żywych stworzeń całą drogę wstecz aż do woreczka składników chemicznych - lub może jednej cząsteczki – która zlała się pewnego dnia w pierwotnym mule. Niemniej, podobnie jak wszystkie metafory, „drzewo” nie oddaje rzeczywistości. Bowiem w biologii wszystkie granice są zamazane: między gatunkami, czasami także między indywidualnymi organizmami, i prawdopodobnie między tym, co żywe, a tym, co nieżywe.

Nie, nie wszystkie granice są zamazane. Homo sapiens nie rozmnaża się z żadnym innym gatunkiem naczelnych, ani nie robi tego bardzo wiele innych gatunków. I, doprawdy, czy granica między, powiedzmy, Jerrym Coynem a Meryl Streep jest zamazana? Jak? Jeśli chodzi o ”nierzeczywistość” drzewa, nie zgadzam się. Jak długo gatunki powstają przez transformację populacji, zazwyczaj izolowanych geograficzne, historia życia istotnie w znacznej mierze przypomina drzewo. Gdyby nie była, nie bylibyśmy w stanie odtworzyć historii życia. A przecież możemy!

Nowa książka Quammena ma swoje dobre punkty. Na przykład, opowiada konkretnie, jak dokonuje się uprawianie nauki, wraz z rywalizacjami, zazdrościami i obmawianiem. Quammen odrobił lekcję historii. Ale jak zobaczycie z mojej recenzji uważam, że jego doniesienie o śmierci drzewa Darwina jest wielce przesadzone.  

h/t: Stephen

My WAPO review of David Quammens new book on evolutionary trees

Why Evolution Is True, 24 sierpnia 2018

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska