Prawda

Sobota, 17 listopada 2018 - 13:57

« Poprzedni Następny »


Recenzja nowej książki Davida Quammena o drzewach ewolucyjnych (i porównanie z innymi recenzjami)


Jerry A. Coyne 2018-09-01

<span>Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)</span><br />
Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)


Właśnie napisałem recenzję nowej książki Davida Quammena, The Tangled Tree: A Radical New History of Life, dla „Washington Post”. Ponieważ tematem książki są drzewa ewolucyjne, a w szczególności ich realność (lub nierealność, Quammena), poprosiłem, by mój artkuł zilustrować słynnym „szkicem drzewa” Darwina z jednego z jego notesów sprzed O pochodzeniu gatunków.

Tezą książki Quammena jest, że „drzewo życia” nie przypomina drzewa, a jest tak z powodu symbiogenezy (np. utworzenia eukariotycznych komórek, które nabyły mitochondria i chloroplasty przez wchłonięcie i używanie innych mikrobów) oraz – głównie – z powodu „horyzontalnego transferu genów” (HGT): przechodzenia DNA między niespokrewnionymi organizmami.


Poza tą teza protagonistą Quammena jest Carl Woese, który odkrył, że życie obejmuje trzy odrębne domeny: bakterie, archeony i eukarionty. Ponieważ książka składa się z kilku różnych historii, skoncentrowałem się na tym, co wydaje się być główną tezą Quammena: że drzewo życia po prostu jest „błędne” (jego słowa) i że rozwoju życia nie można przedstawiać jako drzewo. The Tangled Tree należy do gatunku książek “Darwin mylił się”.


Nie zgadzam się z ”nierzeczywistością” metafory drzewa, szczególnie dla eukariontów, gdzie założenie rozgałęziających się drzew działa dobrze w rekonstrukcji historii gatunku, mimo okazjonalnych przesunięć genów między gałęziami. Także w sprawie mikrobów Quammen niezupełnie ma rację: choć HGT jest częstsze wśród mikrobów niż eukariontów, ten transfer nie zatarł, na przykład, filogenetycznego pokrewieństwa między bakteriami i, oczywiście, nie przeszkodził Woesemu w odkryciu – przez DNA i biochemię – że archeony są odrębną „domeną” od dwóch pozostałych. Z ograniczeniem do 1200 słów musiałem w zasadzie zignorować sprawę symbiogenezy i odkrycia Woese’a, żeby skupić się na głównej tezie książki - rzekomo błędnej analogii z drzewem, użytej by książkę lepiej sprzedać. 


Możecie sami przeczytać moją recenzję. Dodam tylko jedna poprawkę do niej. Napisałem tam:

Co jeszcze bardziej niezwykłe, bardziej złożone gatunki potrafią po prostu wcielić  geny ze środowiska. Mikroskopijne wrotki, na przykład, odwadniają się w suchych warunkach; kiedy nawadniają się ponownie, absorbują wodę, która zawiera odcinki DNA z pobliskich gatunków, a więc wrotki mogą być pełne „znalezionych” fragmentów DNA z grup takich jak grzyby i rośliny.

Okazuje się teraz, że historia wrotków wcale nie jest przypadkiem HGT, ale zanieczyszczeniem przez DNA innych gatunków podczas sekwencjonowania. Ujawniono to w artykule opublikowanym w „Current Biology” 6 sierpnia, o którym nie wiedziałem, kiedy mój artykuł poszedł do druku (dziękuję Matthew Cobbowi za wskazanie mi go). A więc także ten słynny przykład HGT jest błędny. Niektórzy biolodzy uważają, że większość dowodów na HGT u eukariontów jest wynikiem zanieczyszczenia tego typu, ale ja pozostaję otwarty. Wiemy już, jak powiedziałem, że HGT nie jest wystarczająco częsty u organizmów wielokomórkowych, by wymazać ich pochodzenie ewolucyjne.


Chcę powiedzieć kilka słów o innych recenzjach z książki Quammena. Dwie pierwsze są z „New York Times”. Pierwsza z nich to recenzja Parul Seghal (https://www.nytimes.com/2018/08/07/books/review-tangled-tree-david-quammen.html).


Seghal jest krytykiem literackim i to widać; pisze ona o książce jako o literaturze (podoba jej się), ale nie dotyka nauki. W rzeczywistości przyznaje, jeśli nie wręcz chlubi się, swoją ignorancją na temat nauki:

W 1977 r. Woese i jego koledzy z University of Illinois ogłosili odkrycie „trzeciej domeny” życia – jednokomórkowych mikrobów, które nazwali archeonami -  genetycznie odrębnymi od tego, co uważano za tylko dwie linie rodowe życia: prokarionty, które obejmują bakterie, i eukarionty, które obejmują rośliny i zwierzęta. (W porządku, mogłam nie zauważyć także tej notatki.) 

Nie zauważyć tej "notatki"? Jeśli wiesz cokolwiek o biologii, wiesz o archeonach. A jeśli nie wiesz, nie powinnaś pisać recenzji z tej książki. A dalej jest to:

Ale ta nowa wiedza – że genetycznie jesteśmy mozaiką – kwestionuje naszą koncepcję ludzkiej tożsamości. Co to znaczy być „jednostką”, jeśli jesteśmy tak kompozytowymi stworzeniami?


Quammen podnosi te egzystencjalne pytania i pędzi dalej; jak Biały Królik galopuje przez pewne fragmenty w szalonym pędzie. Chce nas przeprowadzić przez taką ilość faktów „jak zamieć w Montanie”; musi przedstawić nam oszałamiający szereg naukowców. (Proszę, nie pytajcie mnie, czy potrafię odróżnić Nortona Zindera od Oswalda Avery’ego.)

To jest tylko obnoszenie się z ignorancją, żeby usprawiedliwić niemożność dyskutowania o nauce. To jest właściwie żenujące. I rzeczywiście nie pojmuje ona nauki: nie ma ani słowa o tym, czy koncepcja drzew ewolucyjnych jest, jak twierdzi Quammen, bezużyteczna.  Recenzja Seghal jest modelem pokazującym, dlaczego recenzentami książek naukowych powinni być albo naukowcy, albo ludzie, którzy sporo wiedzą o naukowych kwestiach, które omawiają.


Z drugiej strony, Erika Hayden ma kwalifikacje do recenzowania tej książki: jest dziennikarką piszącą o nauce i dyrektorką Science Communication Program na University of California, Santa Cruz. Jej recenzja jest lepsza niż recenzja Sehgal, choć ona także nie rozważa dowodów na istnienie drzew ewolucyjnych; przyjmuje wnioski Quammena za dobrą monetę.


Hayden ma jednak własną pretensję: widzi książkę jako antyfeministyczną:

Jeśli jednak Quammen chce, by jego książka była ponadczasowa, jego proza chwilami  ryzykuje, że będzie przestarzała. Książka obejmuje niemal trzy stulecia i wspomina nazwiska ponad 160 naukowców. Z nich, jak policzyłam, tylko 11 to kobiety, a Quammen często lekceważy ich naukowe kwalifikacje i osiągnięcia, i przedstawia je jako dodatki do mężczyzn w opowieści.  


Na przykład, Lynn Margulis fundamentalnie zrewidowała nasze pojęcie eukariotycznej rewolucji, wyjaśniając, jak natura najbardziej złożonych komórek, włącznie z naszymi, powstała, kiedy prostsze komórki połączyły się. Jest ona jedynym naukowcem-kobietą, która otrzymuje znaczącą przestrzeń w książce Quammena. Dowiadujemy się jednak równie wiele o jej ciążach, macierzyństwie i małżeństwach, co o jej nauce.


W odróżnieniu od tego Quammen nie poświęca równie dużo czasu na badanie uwarunkowań rodzinnych  męskich naukowców. Jest to klasyczne oblanie testu  Finkbeiner, sformułowanego przez dziennikarkę Christie Aschwanden, który zakłada, że płeć kobiety-naukowca nie jest jej najważniejszą cechą. Jeśli życie rodzinne naukowców jest ważne, dziennikarze powinni pisać o rodzinach męskich i żeńskich naukowców. Inaczej utrwalamy stereotyp, że główną odpowiedzialnością kobiety-naukowca jest dbanie o rodzinę, podczas gdy mężczyźni powinni być oswobodzeni od takich przyziemnych trosk w pogoni za nauką.

Jeśli chodzi o brak równowagi między męskimi i żeńskimi naukowcami, to po prostu odzwierciedla to sytuację w czasach, kiedy wykonywali tę pracę. W tym sensie książka jest przestarzała, ale nie niesłuszna.


Przeczytałem ponownie te urywki, jak również ten o Margulis, żeby zobaczyć, czy Hayden ma rację i uznałem, że jej nie ma. Praca Margulis jest omówiona szczegółowo i zajmuje znacznie więcej miejsca niż kilka zdań o jej rodzinie, włącznie z jej małżeństwem z Carlem Saganem. (Żony męskich naukowców także nie są ignorowane i nie uważam, by naukowcy-kobiety, często chwalone w książce, były zbywane byle czym.) Krótka zmianka Quammena o rodzinie Margulis miała na celu jedynie pokazanie, że wykonała wiele pracy, kiedy była samotną matką trojga dzieci i miała jeszcze jedną pracę. Celem było chwalenie jej osiągnięć podczas trudnego okresu w jej życiu. (Oczywiście, Margulis  była problematyczna z innych powodów: należała do wyznawców „Prawdy o 9/11” i pchała swoją teorię symbiogenezy dużo dalej niż powinna była. Wraz ze swoim synem napisała książkę o specjacji, która była tak zła, że jest jedyną książką, której zrecenzowania odmówiłem.) Ogólnie więc nie zgadzam się z Hayden, która oskarża autora o seksizm, ale przeczytajcie i osądźcie sami.  


Kolejna recenzja jest z „New Republic”.  Gaffney przedstawia się jako ”lekarz i autor, który skupia się na strategii, polityce i historii opieki zdrowotnej. Jest wykładowcą medycyny w Harvard Medical School i lekarzem pulmonologiem i intensywnej opieki medycznej w Cambridge Health Alliance.”


Recenzja Gaffney’a
 jest dobra jako informacja o tym, o czym jest ta książka. Brakuje jej jednak oceny tezy Quammena  i mówi tylko to (obok dużego fragmentu o transferze oporności na antybiotyki przez HGT między bakteriami):

W ostatecznym rachunku Drzewo Życia jest tylko metaforą, ale myślę, że ładną: wiąże nas z liniami rodowymi wszystkich żywych stworzeń całą drogę wstecz aż do woreczka składników chemicznych - lub może jednej cząsteczki – która zlała się pewnego dnia w pierwotnym mule. Niemniej, podobnie jak wszystkie metafory, „drzewo” nie oddaje rzeczywistości. Bowiem w biologii wszystkie granice są zamazane: między gatunkami, czasami także między indywidualnymi organizmami, i prawdopodobnie między tym, co żywe, a tym, co nieżywe.

Nie, nie wszystkie granice są zamazane. Homo sapiens nie rozmnaża się z żadnym innym gatunkiem naczelnych, ani nie robi tego bardzo wiele innych gatunków. I, doprawdy, czy granica między, powiedzmy, Jerrym Coynem a Meryl Streep jest zamazana? Jak? Jeśli chodzi o ”nierzeczywistość” drzewa, nie zgadzam się. Jak długo gatunki powstają przez transformację populacji, zazwyczaj izolowanych geograficzne, historia życia istotnie w znacznej mierze przypomina drzewo. Gdyby nie była, nie bylibyśmy w stanie odtworzyć historii życia. A przecież możemy!


Nowa książka Quammena ma swoje dobre punkty. Na przykład, opowiada konkretnie, jak dokonuje się uprawianie nauki, wraz z rywalizacjami, zazdrościami i obmawianiem. Quammen odrobił lekcję historii. Ale jak zobaczycie z mojej recenzji uważam, że jego doniesienie o śmierci drzewa Darwina jest wielce przesadzone.  

 

h/t: Stephen

My WAPO review of David Quammens new book on evolutionary trees

Why Evolution Is True, 24 sierpnia 2018

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Jerry Coyne

Profesor (emeritus) na wydziale ekologii i ewolucji University of Chicago, jego książka "Why Evolution is True" (Polskie wydanie: "Ewolucja jest faktem", Prószyński i Ska, 2009r.) została przełożona na kilkanaście języków, a przez Richarda Dawkinsa jest oceniana jako najlepsza książka o ewolucji.  Jerry Coyne jest jednym z najlepszych na świecie specjalistów od specjacji, rozdzielania się gatunków.  Jest wielkim miłośnikiem kotów i osobistym przyjacielem redaktor naczelnej.

Skomentuj     Wyślij artykuł do znajomego:     Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 865 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

Zrezygnowanie z hamburgerów nie uratuje planety   Lomborg   2018-11-16
Echinacea nie działa na przeziębienie   Novella   2018-11-15
Laserowe skanowanie Archeopteryxa   Novella   2018-11-10
Apoptoza całego ciała   Dennett   2018-11-09
Głębota i polityka pseudogłębi   Hughes   2018-11-08
Niewydolność wątroby spowodowana ekstraktem z zielonej herbaty   Novella   2018-11-06
Skąd wiemy, że niemal wszyscy neandertalczycy byli praworęczni?   Coyne   2018-11-05
Co nam daje psychologia ewolucyjna?   Flock   2018-11-01
Problemy z organiczną żywnością i badaniem raka   Novella   2018-10-31
Geny, które wpływają na ludzką inteligencję i osobowość   Ridley   2018-10-30
Dławiący problem   Łopatniuk   2018-10-27
Niepoprawna ludzkość znowu poprawiona   Koraszewski   2018-10-26
Neandertalskie kości w Chorwacji   Coyne   2018-10-25
Światowa Organizacja Zdrowia udziela poparcia szarlatanerii   Novella   2018-10-24
Socjologia. Uwagi o nauce zaangażowanej   Koraszewski   2018-10-22
Daj ać ja pobruszę …   Łukaszewski   2018-10-20
Opieka zdrowotna neandertalczyków   Novella   2018-10-17
Łez kamienie   Łopatniuk   2018-10-13
Akademicki skandal: troje badaczy umyślnie publikowało fałszywe artykuły o „badaniach żałości”, by pokazać fatalne standardy akademickie w naukach społecznych   Coyne   2018-10-12
Skuteczny kontra patologiczny altruizm   Anomaly   2018-10-10
Czas powiedzieć stop pseudonauce o GMO   Novella   2018-10-02
Trochę inny rak wątroby   Łopatniuk   2018-09-29
Najwcześniejsze znane zwierzę?   Coyne   2018-09-27
Organiczne rolnictwo nie jest najlepsze   Novella   2018-09-24
Ateista z chwilową luką w pamięci i w szoku niewolnictwa   Dawkins   2018-09-21
Stereotypy są często szkodliwe a zarazem poprawne   Shpancer   2018-09-21
Atak “doktorostwa Wolfson” na rodziców chłopca, który zmarł na koklusz     2018-09-20
Probiotyki – to skomplikowane   Novella   2018-09-13
Przesądy i złudzenie kontroli   Novella   2018-09-11
Antyszczepionkowcy - pielęgniarka lub lekarz nie powinni opiekować się dziećmi     2018-09-10
Francuski uniwersytet wyrzuca homeopatię   Novella   2018-09-08
Plastry uśmierzające ból z Luminas: gdzie słowa „kwantum” i „energia” w rzeczywistości znaczą „magia”     2018-09-07
Odkryto nowy rodzaj neuronów u ludzi   Novella   2018-09-06
Epigenetyka: powrót Lamarcka? Nie tak szybko!   Coyne   2018-09-05
Przejściowe formy przodków żółwia   Novella   2018-09-03
Recenzja nowej książki Davida Quammena o drzewach ewolucyjnych (i porównanie z innymi recenzjami)   Coyne   2018-09-01
Dlaczego jedne sowy mają kępki piór na uszach, a inne nie?   Lyon   2018-08-30
Psychoaktywny lek i doświadczenie śmierci   Novella   2018-08-29
Samce koników morskich, które są ciężarne, redukują inwestycję w potomstwo, jeśli widzą seksowną samicę   Coyne   2018-08-28
Uderzające podobieństwo: rewolucyjne wyniki badań nad bliźniętami   Dynesen   2018-08-27
Ale tego wija lepiej zostaw w spokoju   Łopatniuk   2018-08-24
Ile jest ziemi nadającej się pod uprawę?   Novella   2018-08-22
Więcej o szarlatanerii komórek macierzystych   Novella   2018-08-18
Kontrolowane próby szczepionek   Novella   2018-08-15
Ogniska odry w Brooklynie w 2013 r.: Badanie kosztów antyszczepionkowej pseudonauki     2018-08-14
Uprzednie doświadczenie wpływa na to, co widzimy   Novella   2018-08-11
Efekt Krugera-Dunninga, antyszczepionkowcy i arogancja ignorancji     2018-08-09
Nowe zastosowania zużytych filtrów do dializy   Blum   2018-08-07
Puszczyk mszarny   Lyon   2018-08-06
Oprzeć się wiatrom - dobór naturalny, huragany i jaszczurki   Mayer   2018-08-04
Unia Europejska odrzuciła uprawy z edytowanym genomem   Ridley   2018-08-03
Spojrzenie na ruch anty-GMO   Novella   2018-08-02
Tajemne życie morskich ptaków   Ridley   2018-08-01
Więcej dowodów przeciwko „epigenetycznie” dziedziczonym i środowiskowo wprowadzonym zmianom w DNA   Coyne   2018-07-31
Usterka w Matriksie   Novella   2018-07-27
Czy współczesny Homo sapiens wyewoluował w różnych częściach Afryki?   Coyne   2018-07-24
Pandemie, szczepienia, i kuracja mleczna profesora Jastrebowa   Turski   2018-07-21
Sóweczka dwuplamista   Lyon   2018-07-20
Lucyfer, którego wymyślił Zimbardo. O konsekwencjach stanfordzkiego eksperymentu więziennego i skandalu, którego stał się obiektem   Witkowski   2018-07-19
Nie kłacz, gdy kaszlesz   Łopatniuk   2018-07-14
Kwantowe bzdury w parapsychologii   Novella   2018-07-12
Pełzająca percepcja problemów   Novella   2018-07-10
Ale czy mogą cierpieć?   Dawkins   2018-07-07
Wronia inteligencja   Novella   2018-07-06
Gąsienica naśladuje pazurnicę   Coyne   2018-07-05
O mózgach męskich i żeńskich   Novella   2018-07-03
Czy hieny rozbijają ludzki patriarchat?   Coyne   2018-06-30
Mikrobiom jelitowy i stany lękowe   Novella   2018-06-28
Ukośniki przędą spadochrony z nici pajęczej i odlatują po sprawdzeniu wiatru odnóżami   Coyne   2018-06-26
To może być toczeń, czyli o wilku, który pożarł serce   Łopatniuk   2018-06-23
Kreacjonizm i nagonka na Coyne’a w „Daily Caller”   Coyne   2018-06-22
Kłamstwa anty-GMO   Novella   2018-06-20
Protezy kończyn - kolejny postęp   Novella   2018-06-16
Dziwne zawiłości procesu dziedziczenia   Coyne   2018-06-13
Homeopatia, wibracje i oszustwo     2018-06-12
Wyników Séraliniego nie daje się powtórzyć   Novella   2018-06-11
Helen Lawson i czarna maść: wycinanie, wypalanie i zatruwanie w sposób „naturalny”     2018-06-09
Patyczaki mogą rozprzestrzeniać się jak nasiona roślin: w ptasich odchodach   Coyne   2018-06-08
Czy teoria doboru naturalnego Darwina zmieniła nasz pogląd na miejsce ludzkości   Dennett   2018-06-07
Kosmici-głowonogi i panspermia   Novella   2018-06-05
Marność dowodów na przekazywanie wprowadzonych środowiskowo, „epigenetycznych” zmian w DNA kolejnym pokoleniom u ludzi   Coyne   2018-06-04
Homeopatyczne nosodes   Novella   2018-05-31
Fałszywa dychotomia i negacja nauki   Novella   2018-05-28
Nicień w oku bliźniego   Łopatniuk   2018-05-26
Budzenie zmarłych   Novella   2018-05-21
Finansowanie społecznościowe terapii komórkami macierzystymi o nieudowodnionej skuteczności: wykorzystywanie hojności obcych, by płacić za szarlatanerię     2018-05-18
Co mówi nam ruch płaskiej Ziemi     2018-05-17
Osy papierowe + sprytny biolog = tęczowe gniazda   Coyne   2018-05-14
Jak to jest, że Stanisław Burzyński nadal żeruje na zrozpaczonych pacjentach z rakiem?     2018-05-12
Przekonania antyoświeceniowe są „zaskakująco trwałe”     2018-05-11
Jeremy Sherman nadal nie rozumie ewolucji   Coyne   2018-05-09
Zdrowy tryb życia ma znaczenie   Novella   2018-05-08
Miasta są nowymi wyspami Galapagos   Ridley   2018-05-04
O obowiązkowym oznakowywaniu GMO   Novella   2018-05-03
Tydzień Świadomości Homeopatii. Pomaga przypomnieć ludziom, że jest to szarlataneria!     2018-05-02
Znajdź Tiktaalika!   Coyne   2018-05-01
Wzrost potęgi dinozaurów   Novella   2018-04-30
Niebezpieczeństwa martwienia się o sądny dzień   Pinker   2018-04-27
Tako rzecze antyszczepionkowa “wojowniczka mama”, Brittney Kara: jeśli szczepionki są tak wspaniałe, to dlaczego nie wspomina ich Biblia?     2018-04-26
Geny wydają się wyjaśniać większość sukcesów uczniów szkół elitarnych   Ridley   2018-04-25

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Uprzednie doświadczenie



Żydowski exodus



PRL Chrystusem narodów



Odrastające głowy hydry nazizmu



Homeopatia, wibracje i oszustwo


Żołnierz IDF



Prawo powrotu



Mózg i kodowanie predyktywne



Nocna rozmowa



WSzyscy wiedza



Nieustający marsz



Oświecenie Pinker



Alternatywna medycyna zabija



Kobiety ofiarami



Prometeusz



modyfikowana pszenica



Arabowie



Roboty będą uprawiać ziemię



Sumienie, czyli moralność bez smyczy



Skomplikowana ewolucja



Argument neuroróżnorodności



Nowe badanie pamięci długotrwałej



Ściganie bluźnierstwa



Ryby jaskiniowe



Autyzm



Od niepamiętnych czasów



Tunezyjczycy przeciw złemu prawu



Drugie prawo termodynamiki



Pochwała ignorancj



Mistyfikacja Sokala



Intronizacja Chrystusa



Obama chrzescijanie



Szelest liści



Czego wam nie pokazują?


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Malgorzata, Andrzej, Marcin, Henryk