Prawda

Poniedziałek, 15 lipca 2019 - 20:08

« Poprzedni Następny »


Recenzja nowej książki Davida Quammena o drzewach ewolucyjnych (i porównanie z innymi recenzjami)


Jerry A. Coyne 2018-09-01

<span>Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)</span><br />
Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)


Właśnie napisałem recenzję nowej książki Davida Quammena, The Tangled Tree: A Radical New History of Life, dla „Washington Post”. Ponieważ tematem książki są drzewa ewolucyjne, a w szczególności ich realność (lub nierealność, Quammena), poprosiłem, by mój artkuł zilustrować słynnym „szkicem drzewa” Darwina z jednego z jego notesów sprzed O pochodzeniu gatunków.

Tezą książki Quammena jest, że „drzewo życia” nie przypomina drzewa, a jest tak z powodu symbiogenezy (np. utworzenia eukariotycznych komórek, które nabyły mitochondria i chloroplasty przez wchłonięcie i używanie innych mikrobów) oraz – głównie – z powodu „horyzontalnego transferu genów” (HGT): przechodzenia DNA między niespokrewnionymi organizmami.


Poza tą teza protagonistą Quammena jest Carl Woese, który odkrył, że życie obejmuje trzy odrębne domeny: bakterie, archeony i eukarionty. Ponieważ książka składa się z kilku różnych historii, skoncentrowałem się na tym, co wydaje się być główną tezą Quammena: że drzewo życia po prostu jest „błędne” (jego słowa) i że rozwoju życia nie można przedstawiać jako drzewo. The Tangled Tree należy do gatunku książek “Darwin mylił się”.


Nie zgadzam się z ”nierzeczywistością” metafory drzewa, szczególnie dla eukariontów, gdzie założenie rozgałęziających się drzew działa dobrze w rekonstrukcji historii gatunku, mimo okazjonalnych przesunięć genów między gałęziami. Także w sprawie mikrobów Quammen niezupełnie ma rację: choć HGT jest częstsze wśród mikrobów niż eukariontów, ten transfer nie zatarł, na przykład, filogenetycznego pokrewieństwa między bakteriami i, oczywiście, nie przeszkodził Woesemu w odkryciu – przez DNA i biochemię – że archeony są odrębną „domeną” od dwóch pozostałych. Z ograniczeniem do 1200 słów musiałem w zasadzie zignorować sprawę symbiogenezy i odkrycia Woese’a, żeby skupić się na głównej tezie książki - rzekomo błędnej analogii z drzewem, użytej by książkę lepiej sprzedać. 


Możecie sami przeczytać moją recenzję. Dodam tylko jedna poprawkę do niej. Napisałem tam:

Co jeszcze bardziej niezwykłe, bardziej złożone gatunki potrafią po prostu wcielić  geny ze środowiska. Mikroskopijne wrotki, na przykład, odwadniają się w suchych warunkach; kiedy nawadniają się ponownie, absorbują wodę, która zawiera odcinki DNA z pobliskich gatunków, a więc wrotki mogą być pełne „znalezionych” fragmentów DNA z grup takich jak grzyby i rośliny.

Okazuje się teraz, że historia wrotków wcale nie jest przypadkiem HGT, ale zanieczyszczeniem przez DNA innych gatunków podczas sekwencjonowania. Ujawniono to w artykule opublikowanym w „Current Biology” 6 sierpnia, o którym nie wiedziałem, kiedy mój artykuł poszedł do druku (dziękuję Matthew Cobbowi za wskazanie mi go). A więc także ten słynny przykład HGT jest błędny. Niektórzy biolodzy uważają, że większość dowodów na HGT u eukariontów jest wynikiem zanieczyszczenia tego typu, ale ja pozostaję otwarty. Wiemy już, jak powiedziałem, że HGT nie jest wystarczająco częsty u organizmów wielokomórkowych, by wymazać ich pochodzenie ewolucyjne.


Chcę powiedzieć kilka słów o innych recenzjach z książki Quammena. Dwie pierwsze są z „New York Times”. Pierwsza z nich to recenzja Parul Seghal (https://www.nytimes.com/2018/08/07/books/review-tangled-tree-david-quammen.html).


Seghal jest krytykiem literackim i to widać; pisze ona o książce jako o literaturze (podoba jej się), ale nie dotyka nauki. W rzeczywistości przyznaje, jeśli nie wręcz chlubi się, swoją ignorancją na temat nauki:

W 1977 r. Woese i jego koledzy z University of Illinois ogłosili odkrycie „trzeciej domeny” życia – jednokomórkowych mikrobów, które nazwali archeonami -  genetycznie odrębnymi od tego, co uważano za tylko dwie linie rodowe życia: prokarionty, które obejmują bakterie, i eukarionty, które obejmują rośliny i zwierzęta. (W porządku, mogłam nie zauważyć także tej notatki.) 

Nie zauważyć tej "notatki"? Jeśli wiesz cokolwiek o biologii, wiesz o archeonach. A jeśli nie wiesz, nie powinnaś pisać recenzji z tej książki. A dalej jest to:

Ale ta nowa wiedza – że genetycznie jesteśmy mozaiką – kwestionuje naszą koncepcję ludzkiej tożsamości. Co to znaczy być „jednostką”, jeśli jesteśmy tak kompozytowymi stworzeniami?


Quammen podnosi te egzystencjalne pytania i pędzi dalej; jak Biały Królik galopuje przez pewne fragmenty w szalonym pędzie. Chce nas przeprowadzić przez taką ilość faktów „jak zamieć w Montanie”; musi przedstawić nam oszałamiający szereg naukowców. (Proszę, nie pytajcie mnie, czy potrafię odróżnić Nortona Zindera od Oswalda Avery’ego.)

To jest tylko obnoszenie się z ignorancją, żeby usprawiedliwić niemożność dyskutowania o nauce. To jest właściwie żenujące. I rzeczywiście nie pojmuje ona nauki: nie ma ani słowa o tym, czy koncepcja drzew ewolucyjnych jest, jak twierdzi Quammen, bezużyteczna.  Recenzja Seghal jest modelem pokazującym, dlaczego recenzentami książek naukowych powinni być albo naukowcy, albo ludzie, którzy sporo wiedzą o naukowych kwestiach, które omawiają.


Z drugiej strony, Erika Hayden ma kwalifikacje do recenzowania tej książki: jest dziennikarką piszącą o nauce i dyrektorką Science Communication Program na University of California, Santa Cruz. Jej recenzja jest lepsza niż recenzja Sehgal, choć ona także nie rozważa dowodów na istnienie drzew ewolucyjnych; przyjmuje wnioski Quammena za dobrą monetę.


Hayden ma jednak własną pretensję: widzi książkę jako antyfeministyczną:

Jeśli jednak Quammen chce, by jego książka była ponadczasowa, jego proza chwilami  ryzykuje, że będzie przestarzała. Książka obejmuje niemal trzy stulecia i wspomina nazwiska ponad 160 naukowców. Z nich, jak policzyłam, tylko 11 to kobiety, a Quammen często lekceważy ich naukowe kwalifikacje i osiągnięcia, i przedstawia je jako dodatki do mężczyzn w opowieści.  


Na przykład, Lynn Margulis fundamentalnie zrewidowała nasze pojęcie eukariotycznej rewolucji, wyjaśniając, jak natura najbardziej złożonych komórek, włącznie z naszymi, powstała, kiedy prostsze komórki połączyły się. Jest ona jedynym naukowcem-kobietą, która otrzymuje znaczącą przestrzeń w książce Quammena. Dowiadujemy się jednak równie wiele o jej ciążach, macierzyństwie i małżeństwach, co o jej nauce.


W odróżnieniu od tego Quammen nie poświęca równie dużo czasu na badanie uwarunkowań rodzinnych  męskich naukowców. Jest to klasyczne oblanie testu  Finkbeiner, sformułowanego przez dziennikarkę Christie Aschwanden, który zakłada, że płeć kobiety-naukowca nie jest jej najważniejszą cechą. Jeśli życie rodzinne naukowców jest ważne, dziennikarze powinni pisać o rodzinach męskich i żeńskich naukowców. Inaczej utrwalamy stereotyp, że główną odpowiedzialnością kobiety-naukowca jest dbanie o rodzinę, podczas gdy mężczyźni powinni być oswobodzeni od takich przyziemnych trosk w pogoni za nauką.

Jeśli chodzi o brak równowagi między męskimi i żeńskimi naukowcami, to po prostu odzwierciedla to sytuację w czasach, kiedy wykonywali tę pracę. W tym sensie książka jest przestarzała, ale nie niesłuszna.


Przeczytałem ponownie te urywki, jak również ten o Margulis, żeby zobaczyć, czy Hayden ma rację i uznałem, że jej nie ma. Praca Margulis jest omówiona szczegółowo i zajmuje znacznie więcej miejsca niż kilka zdań o jej rodzinie, włącznie z jej małżeństwem z Carlem Saganem. (Żony męskich naukowców także nie są ignorowane i nie uważam, by naukowcy-kobiety, często chwalone w książce, były zbywane byle czym.) Krótka zmianka Quammena o rodzinie Margulis miała na celu jedynie pokazanie, że wykonała wiele pracy, kiedy była samotną matką trojga dzieci i miała jeszcze jedną pracę. Celem było chwalenie jej osiągnięć podczas trudnego okresu w jej życiu. (Oczywiście, Margulis  była problematyczna z innych powodów: należała do wyznawców „Prawdy o 9/11” i pchała swoją teorię symbiogenezy dużo dalej niż powinna była. Wraz ze swoim synem napisała książkę o specjacji, która była tak zła, że jest jedyną książką, której zrecenzowania odmówiłem.) Ogólnie więc nie zgadzam się z Hayden, która oskarża autora o seksizm, ale przeczytajcie i osądźcie sami.  


Kolejna recenzja jest z „New Republic”.  Gaffney przedstawia się jako ”lekarz i autor, który skupia się na strategii, polityce i historii opieki zdrowotnej. Jest wykładowcą medycyny w Harvard Medical School i lekarzem pulmonologiem i intensywnej opieki medycznej w Cambridge Health Alliance.”


Recenzja Gaffney’a
 jest dobra jako informacja o tym, o czym jest ta książka. Brakuje jej jednak oceny tezy Quammena  i mówi tylko to (obok dużego fragmentu o transferze oporności na antybiotyki przez HGT między bakteriami):

W ostatecznym rachunku Drzewo Życia jest tylko metaforą, ale myślę, że ładną: wiąże nas z liniami rodowymi wszystkich żywych stworzeń całą drogę wstecz aż do woreczka składników chemicznych - lub może jednej cząsteczki – która zlała się pewnego dnia w pierwotnym mule. Niemniej, podobnie jak wszystkie metafory, „drzewo” nie oddaje rzeczywistości. Bowiem w biologii wszystkie granice są zamazane: między gatunkami, czasami także między indywidualnymi organizmami, i prawdopodobnie między tym, co żywe, a tym, co nieżywe.

Nie, nie wszystkie granice są zamazane. Homo sapiens nie rozmnaża się z żadnym innym gatunkiem naczelnych, ani nie robi tego bardzo wiele innych gatunków. I, doprawdy, czy granica między, powiedzmy, Jerrym Coynem a Meryl Streep jest zamazana? Jak? Jeśli chodzi o ”nierzeczywistość” drzewa, nie zgadzam się. Jak długo gatunki powstają przez transformację populacji, zazwyczaj izolowanych geograficzne, historia życia istotnie w znacznej mierze przypomina drzewo. Gdyby nie była, nie bylibyśmy w stanie odtworzyć historii życia. A przecież możemy!


Nowa książka Quammena ma swoje dobre punkty. Na przykład, opowiada konkretnie, jak dokonuje się uprawianie nauki, wraz z rywalizacjami, zazdrościami i obmawianiem. Quammen odrobił lekcję historii. Ale jak zobaczycie z mojej recenzji uważam, że jego doniesienie o śmierci drzewa Darwina jest wielce przesadzone.  

 

h/t: Stephen

My WAPO review of David Quammens new book on evolutionary trees

Why Evolution Is True, 24 sierpnia 2018

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Jerry Coyne

Profesor (emeritus) na wydziale ekologii i ewolucji University of Chicago, jego książka "Why Evolution is True" (Polskie wydanie: "Ewolucja jest faktem", Prószyński i Ska, 2009r.) została przełożona na kilkanaście języków, a przez Richarda Dawkinsa jest oceniana jako najlepsza książka o ewolucji.  Jerry Coyne jest jednym z najlepszych na świecie specjalistów od specjacji, rozdzielania się gatunków.  Jest wielkim miłośnikiem kotów i osobistym przyjacielem redaktor naczelnej.

Skomentuj     Wyślij artykuł do znajomego:     Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 965 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

Hodowanie mini-mózgów z komórek macierzystych   Novella   2019-07-15
Szczepionka HPV działa. Koniec kropka     2019-07-13
Efekt przechodnia   Novella   2019-07-11
Prątkiem w raka, czyli co ma gruźlica do raka pęcherza   Łopatniuk   2019-07-06
Opowieści o nauce zastępują fikcję w Teatrze Narodowym Ugandy   Ongu   2019-07-05
Pleśń w przestrzeni kosmicznej   Novella   2019-07-03
Pterozaury: Czy umiały latać od razu po wykluciu się?   Coyne   2019-07-02
Ludziom rosną rogi? – Złe informowanie o nauce   Novella   2019-07-01
Przemysł ”wellness”   Novella   2019-06-28
Nazywanie zmiany klimatu ”katastrofalną” utrudnia znalezienie realnych odpowiedzi   Lomborg   2019-06-26
Olbrzymie straszyki mają zostać ponownie wprowadzone na wyspę Lord Howe   Coyne   2019-06-25
Amonit (i masa innych stworzeń) znaleziona w birmańskim bursztynie   Coyne   2019-06-21
Ślubowanie o zniesieniu grzechu   Ridley   2019-06-20
Nowe informacje o dzieciach CRISPR   Novella   2019-06-17
Słonie mają fantastyczny węch (lepszy niż psy): są jedynymi zwierzętami, które potrafią rozróżnić inne ilości pokarmu tylko po zapachu   Coyne   2019-06-14
Indyjscy farmerzy wysiali ziarna GMO w proteście obywatelskiego nieposłuszeństwa     2019-06-13
Chcąc zadowolić antyaborcjonistów administracja Trumpa tnie finansowanie badań medycznych przy użyciu tkanki płodowej   Coyne   2019-06-11
Triumf Mao: Światowa Organizacja Zdrowia oficjalnie akceptuje szarlatanerię tradycyjnej chińskiej medycyny     2019-06-04
Ale jak to bezbarwnikowy?   Łopatniuk   2019-06-01
Na zdrowie: izraelscy naukowcy warzą piwo na ”wskrzeszonych” drożdżach sprzed 5000 lat     2019-05-31
Skąd wiemy to, co wiemy?   Novella   2019-05-28
Samice bonobo (ale nie samice szympansów) pomagają swoim synom w zdobywaniu partnerek   Coyne   2019-05-25
Dlaczego ludzie sprzeciwiają się technologiom, które zmniejszają szkody?   Ridley   2019-05-24
Nowa praca o nielotnych chruścielach rażąco przesadzona i wypaczona w popularnych mediach   Coyne   2019-05-22
Trenowanie sztucznej inteligencji, żeby widziała jak człowiek   Novella   2019-05-21
A polać wielką wodą…   Cipiur   2019-05-18
Wykrywanie kłamstw w mózgu   Novella   2019-05-17
Walka o zachowanie bioróżnorodności   Ridley   2019-05-15
Niezwykły przypadek mimikry: skaczący pająk naśladuje gąsienicę   Coyne   2019-05-14
Selektywnie stosowana koncepcja tabula rasa i ideologicznie motywowane nieporozumienia   Cory Clark   2019-05-09
Dlaczego szarlatani nie powinni nadzorować sami siebie     2019-05-08
Kiedy naukowcy nie tolerują odmiennego zdania   Weber   2019-05-07
Przegapione odkrycia w historii nauki   Ridley   2019-05-02
W obronie scjentyzmu   Winegard   2019-04-30
Akupunktura kwantowa   Novella   2019-04-23
Nie tylko kakao   Łopaniuk   2019-04-20
Wstęga Möbiusa sprzecznych egocentryzmów poznawczych   Landes   2019-04-18
Kolejne badania nad bzdurą   Novella   2019-04-17
Licząca 43 miliony lat forma przejściowa: wodno-lądowy wieloryb    Coyne   2019-04-15
Zdumiewające możliwości docenienia i wykorzystania neuroróżnorodności   Koraszewski   2019-04-12
Jak sobie radzić ze skrajnymi wydarzeniami pogodowymi?   Lomborg   2019-04-09
Najbardziej zabójczy dzień na Ziemi   Novella   2019-04-06
Zaprzeczanie neuronauce o różnicach płci   Cahill   2019-04-05
Zwierzęce roboty   Novella   2019-04-04
Technologia pomaga w kryzysach wodnych na całym globie   Cohen   2019-04-02
Niezwykłe skamieniałości kambryjskie porównywalne do tych z łupków z Burgess   Coyne   2019-03-30
Tak wygląda dobre dziennikarstwo   Novella   2019-03-29
Wzrost sektora nasiennictwa w Ugandzie demaskuje główne twierdzenie anty- GMO   Ongu   2019-03-21
Ewolucja „nieredukowalnie złożonych” białek zapobiegających zamarzaniu u ryb polarnych (i policzek wymierzony Behemu)   Coyne   2019-03-20
Złoty ryż wreszcie dopuszczony w Bangladeszu   Novella   2019-03-19
Kłamstwa, bezczelne kłamstwa i statystyka   Welsh   2019-03-18
Wyprane kłamstwa   Ridley   2019-03-14
Czy islamska teologia i filozofia może wzbogacić etyczną debatę wokół CRISPR?   Coyne   2019-03-06
Kacze dzioby, Umwelt i a priori Kanta   Cobb   2019-03-04
Co kręci płaskoziemców   Novella   2019-03-02
Ślimaki nagoskrzelne mają kolczaste penisy jednorazowego użytku, którymi usuwają plemniki rywala ze swojej partnerki   Coyne   2019-03-01
Zrozumienie nowoczesnych horrorów afrykańskich zakorzenionych w handlu niewolnikami przez Ocean Indyjski   Clarfield   2019-02-28
Raport z sensacyjnym twierdzeniem o ”załamaniu klimatu” jest chwytliwy, ale nieprawdziwy   Lomborg   2019-02-27
Naukowiec analizuje dwa przykłady w nowej książce Behego; stwierdza, że są głęboko błędne   Coyne   2019-02-26
Triasowy mięsak, czyli praprzodkowie żółwi też chorowali na nowotwory   Łopatniuk   2019-02-16
Co nauka może powiedzieć pani Ocasio-Cortez o klimacie   Lomborg   2019-02-15
Kury produkujące leki   Novella   2019-02-14
Rak w raku i przerzut w przerzucie   Łopatniuk   2019-02-09
Prawo niezamierzonych konsekwencji   Novella   2019-02-07
Czy świat rzeczywiście staje się biedniejszy? Odpowiedź Stevena Pinkera   Coyne   2019-02-06
Maniok o wysokiej zawartości żelaza i cynku może poprawić odżywianie i zdrowie w Afryce Zachodniej     2019-02-05
Dalszy spadek zgonów z powodu raka   Novella   2019-02-04
Dokopywanie nauce przez dwóch naukowców i filozofa   Coyne   2019-02-01
Jacy naprawdę byli neandertalczycy?   Novella   2019-01-31
Żywność GM i zmiana opinii   Novella   2019-01-29
Wojny o Oświecenie: kilka refleksji o Enlightenment Now, w rok później   Pinker   2019-01-25
Dunning Kruger a opozycja wobec GMO   Novella   2019-01-23
Nasza pamięć cofa się   Nivella   2019-01-21
Niezrozumienie efektu Dunninga-Krugera   Novella   2019-01-18
Szarlataneria finansowana przez społeczność internetową   Novella   2019-01-16
Nowa duża salamandra ze Stanów Zjednoczonych   Mayer   2019-01-10
Kwitnące rośliny pozostają zdolne do życia po przejściu przez przewód pokarmowy ptactwa wodnego   Coyne   2019-01-07
Radykalne poglądy polityczne korelują z marnym metapoznaniem   Novella   2019-01-05
Nareszcie: owocowy gospodarz dzikiej Drosophila melanogaster   Coyne   2019-01-02
Z końcem roku   Łopatniuk   2019-01-01
Psychologia globalnego pesymizmu   Ridley   2018-12-26
Wiara w Świętego Mikołaja   Novella   2018-12-25
Brudna pardwa górska   Lyon   2018-12-24
Lotosowe szaleństwo   Łopatniuk   2018-12-22
Intrygujące zajęcia na Princeton University   Coyne   2018-12-19
Aktywność umysłowa nie zapobiega osłabieniu umysłowej sprawności   Novella   2018-12-15
Musi się potępić akademicki mobbing uczonego     2018-12-14
Dlaczego sądy nie powinny rozstrzygać o nauce     2018-12-13
Dziennikarze  nie rozumieją nowego raportu USA o klimacie   Lomborg   2018-12-12
Kilka myśli o altruizmie   Coyne   2018-12-10
Nauka nie jest twoim wrogiem   Pinker   2018-12-08
Czy poparcie przez celebrytę może skłonić ludzi do zaakceptowania ewolucji?   Coyne   2018-12-07
Dominujący indyk i jego popisy   Lyon   2018-12-04
Dlaczego kocie języki są kolczaste?   Coyne   2018-12-01
Hiszpania dąży do zakazania alternatywnej medycyny   Novella   2018-11-30
Inżyneria fotosyntezy i jej przeciwnicy   Novella   2018-11-27
Mój list do Darwina   Coyne   2018-11-26
Zapuszczenie   Łopatniuk   2018-11-24
Nowa praca potwierdza sześć podgatunków tygrysa   Coyne   2018-11-21
Nawigacja może być fundamentalna dla myślenia   Novella   2018-11-20

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Biły się dwa bogi


 Forma przejściowa


Wstęga Möbiusa


Przemysł produkcji kłamstw


Jesteś tym, co czytasz,



Radykalne poglądy polityczne


Einstein



Socjologia



Allah stworzyl



Uprzednie doświadczenie



Żydowski exodus



PRL Chrystusem narodów



Odrastające głowy hydry nazizmu



Homeopatia, wibracje i oszustwo


Żołnierz IDF



Prawo powrotu



Mózg i kodowanie predyktywne



Nocna rozmowa



WSzyscy wiedza



Nieustający marsz



Oświecenie Pinker



Alternatywna medycyna zabija



Kobiety ofiarami



Prometeusz



modyfikowana pszenica



Arabowie



Roboty będą uprawiać ziemię



Sumienie, czyli moralność bez smyczy



Skomplikowana ewolucja



Argument neuroróżnorodności



Nowe badanie pamięci długotrwałej



Ściganie bluźnierstwa



Ryby jaskiniowe



Autyzm


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Malgorzata, Andrzej, Marcin, Henryk