Prawda

Niedziela, 17 listopada 2019 - 21:21

« Poprzedni Następny »


Recenzja nowej książki Davida Quammena o drzewach ewolucyjnych (i porównanie z innymi recenzjami)


Jerry A. Coyne 2018-09-01

<span>Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)</span><br />
Szkic ”Drzewa życia” Charlesa Darwina ilustruje jego teorię, że gatunki wyewoluowały od wspólnego przodka. (Zdjęcie: Mario Tama/Getty Images)


Właśnie napisałem recenzję nowej książki Davida Quammena, The Tangled Tree: A Radical New History of Life, dla „Washington Post”. Ponieważ tematem książki są drzewa ewolucyjne, a w szczególności ich realność (lub nierealność, Quammena), poprosiłem, by mój artkuł zilustrować słynnym „szkicem drzewa” Darwina z jednego z jego notesów sprzed O pochodzeniu gatunków.

Tezą książki Quammena jest, że „drzewo życia” nie przypomina drzewa, a jest tak z powodu symbiogenezy (np. utworzenia eukariotycznych komórek, które nabyły mitochondria i chloroplasty przez wchłonięcie i używanie innych mikrobów) oraz – głównie – z powodu „horyzontalnego transferu genów” (HGT): przechodzenia DNA między niespokrewnionymi organizmami.


Poza tą teza protagonistą Quammena jest Carl Woese, który odkrył, że życie obejmuje trzy odrębne domeny: bakterie, archeony i eukarionty. Ponieważ książka składa się z kilku różnych historii, skoncentrowałem się na tym, co wydaje się być główną tezą Quammena: że drzewo życia po prostu jest „błędne” (jego słowa) i że rozwoju życia nie można przedstawiać jako drzewo. The Tangled Tree należy do gatunku książek “Darwin mylił się”.


Nie zgadzam się z ”nierzeczywistością” metafory drzewa, szczególnie dla eukariontów, gdzie założenie rozgałęziających się drzew działa dobrze w rekonstrukcji historii gatunku, mimo okazjonalnych przesunięć genów między gałęziami. Także w sprawie mikrobów Quammen niezupełnie ma rację: choć HGT jest częstsze wśród mikrobów niż eukariontów, ten transfer nie zatarł, na przykład, filogenetycznego pokrewieństwa między bakteriami i, oczywiście, nie przeszkodził Woesemu w odkryciu – przez DNA i biochemię – że archeony są odrębną „domeną” od dwóch pozostałych. Z ograniczeniem do 1200 słów musiałem w zasadzie zignorować sprawę symbiogenezy i odkrycia Woese’a, żeby skupić się na głównej tezie książki - rzekomo błędnej analogii z drzewem, użytej by książkę lepiej sprzedać. 


Możecie sami przeczytać moją recenzję. Dodam tylko jedna poprawkę do niej. Napisałem tam:

Co jeszcze bardziej niezwykłe, bardziej złożone gatunki potrafią po prostu wcielić  geny ze środowiska. Mikroskopijne wrotki, na przykład, odwadniają się w suchych warunkach; kiedy nawadniają się ponownie, absorbują wodę, która zawiera odcinki DNA z pobliskich gatunków, a więc wrotki mogą być pełne „znalezionych” fragmentów DNA z grup takich jak grzyby i rośliny.

Okazuje się teraz, że historia wrotków wcale nie jest przypadkiem HGT, ale zanieczyszczeniem przez DNA innych gatunków podczas sekwencjonowania. Ujawniono to w artykule opublikowanym w „Current Biology” 6 sierpnia, o którym nie wiedziałem, kiedy mój artykuł poszedł do druku (dziękuję Matthew Cobbowi za wskazanie mi go). A więc także ten słynny przykład HGT jest błędny. Niektórzy biolodzy uważają, że większość dowodów na HGT u eukariontów jest wynikiem zanieczyszczenia tego typu, ale ja pozostaję otwarty. Wiemy już, jak powiedziałem, że HGT nie jest wystarczająco częsty u organizmów wielokomórkowych, by wymazać ich pochodzenie ewolucyjne.


Chcę powiedzieć kilka słów o innych recenzjach z książki Quammena. Dwie pierwsze są z „New York Times”. Pierwsza z nich to recenzja Parul Seghal (https://www.nytimes.com/2018/08/07/books/review-tangled-tree-david-quammen.html).


Seghal jest krytykiem literackim i to widać; pisze ona o książce jako o literaturze (podoba jej się), ale nie dotyka nauki. W rzeczywistości przyznaje, jeśli nie wręcz chlubi się, swoją ignorancją na temat nauki:

W 1977 r. Woese i jego koledzy z University of Illinois ogłosili odkrycie „trzeciej domeny” życia – jednokomórkowych mikrobów, które nazwali archeonami -  genetycznie odrębnymi od tego, co uważano za tylko dwie linie rodowe życia: prokarionty, które obejmują bakterie, i eukarionty, które obejmują rośliny i zwierzęta. (W porządku, mogłam nie zauważyć także tej notatki.) 

Nie zauważyć tej "notatki"? Jeśli wiesz cokolwiek o biologii, wiesz o archeonach. A jeśli nie wiesz, nie powinnaś pisać recenzji z tej książki. A dalej jest to:

Ale ta nowa wiedza – że genetycznie jesteśmy mozaiką – kwestionuje naszą koncepcję ludzkiej tożsamości. Co to znaczy być „jednostką”, jeśli jesteśmy tak kompozytowymi stworzeniami?


Quammen podnosi te egzystencjalne pytania i pędzi dalej; jak Biały Królik galopuje przez pewne fragmenty w szalonym pędzie. Chce nas przeprowadzić przez taką ilość faktów „jak zamieć w Montanie”; musi przedstawić nam oszałamiający szereg naukowców. (Proszę, nie pytajcie mnie, czy potrafię odróżnić Nortona Zindera od Oswalda Avery’ego.)

To jest tylko obnoszenie się z ignorancją, żeby usprawiedliwić niemożność dyskutowania o nauce. To jest właściwie żenujące. I rzeczywiście nie pojmuje ona nauki: nie ma ani słowa o tym, czy koncepcja drzew ewolucyjnych jest, jak twierdzi Quammen, bezużyteczna.  Recenzja Seghal jest modelem pokazującym, dlaczego recenzentami książek naukowych powinni być albo naukowcy, albo ludzie, którzy sporo wiedzą o naukowych kwestiach, które omawiają.


Z drugiej strony, Erika Hayden ma kwalifikacje do recenzowania tej książki: jest dziennikarką piszącą o nauce i dyrektorką Science Communication Program na University of California, Santa Cruz. Jej recenzja jest lepsza niż recenzja Sehgal, choć ona także nie rozważa dowodów na istnienie drzew ewolucyjnych; przyjmuje wnioski Quammena za dobrą monetę.


Hayden ma jednak własną pretensję: widzi książkę jako antyfeministyczną:

Jeśli jednak Quammen chce, by jego książka była ponadczasowa, jego proza chwilami  ryzykuje, że będzie przestarzała. Książka obejmuje niemal trzy stulecia i wspomina nazwiska ponad 160 naukowców. Z nich, jak policzyłam, tylko 11 to kobiety, a Quammen często lekceważy ich naukowe kwalifikacje i osiągnięcia, i przedstawia je jako dodatki do mężczyzn w opowieści.  


Na przykład, Lynn Margulis fundamentalnie zrewidowała nasze pojęcie eukariotycznej rewolucji, wyjaśniając, jak natura najbardziej złożonych komórek, włącznie z naszymi, powstała, kiedy prostsze komórki połączyły się. Jest ona jedynym naukowcem-kobietą, która otrzymuje znaczącą przestrzeń w książce Quammena. Dowiadujemy się jednak równie wiele o jej ciążach, macierzyństwie i małżeństwach, co o jej nauce.


W odróżnieniu od tego Quammen nie poświęca równie dużo czasu na badanie uwarunkowań rodzinnych  męskich naukowców. Jest to klasyczne oblanie testu  Finkbeiner, sformułowanego przez dziennikarkę Christie Aschwanden, który zakłada, że płeć kobiety-naukowca nie jest jej najważniejszą cechą. Jeśli życie rodzinne naukowców jest ważne, dziennikarze powinni pisać o rodzinach męskich i żeńskich naukowców. Inaczej utrwalamy stereotyp, że główną odpowiedzialnością kobiety-naukowca jest dbanie o rodzinę, podczas gdy mężczyźni powinni być oswobodzeni od takich przyziemnych trosk w pogoni za nauką.

Jeśli chodzi o brak równowagi między męskimi i żeńskimi naukowcami, to po prostu odzwierciedla to sytuację w czasach, kiedy wykonywali tę pracę. W tym sensie książka jest przestarzała, ale nie niesłuszna.


Przeczytałem ponownie te urywki, jak również ten o Margulis, żeby zobaczyć, czy Hayden ma rację i uznałem, że jej nie ma. Praca Margulis jest omówiona szczegółowo i zajmuje znacznie więcej miejsca niż kilka zdań o jej rodzinie, włącznie z jej małżeństwem z Carlem Saganem. (Żony męskich naukowców także nie są ignorowane i nie uważam, by naukowcy-kobiety, często chwalone w książce, były zbywane byle czym.) Krótka zmianka Quammena o rodzinie Margulis miała na celu jedynie pokazanie, że wykonała wiele pracy, kiedy była samotną matką trojga dzieci i miała jeszcze jedną pracę. Celem było chwalenie jej osiągnięć podczas trudnego okresu w jej życiu. (Oczywiście, Margulis  była problematyczna z innych powodów: należała do wyznawców „Prawdy o 9/11” i pchała swoją teorię symbiogenezy dużo dalej niż powinna była. Wraz ze swoim synem napisała książkę o specjacji, która była tak zła, że jest jedyną książką, której zrecenzowania odmówiłem.) Ogólnie więc nie zgadzam się z Hayden, która oskarża autora o seksizm, ale przeczytajcie i osądźcie sami.  


Kolejna recenzja jest z „New Republic”.  Gaffney przedstawia się jako ”lekarz i autor, który skupia się na strategii, polityce i historii opieki zdrowotnej. Jest wykładowcą medycyny w Harvard Medical School i lekarzem pulmonologiem i intensywnej opieki medycznej w Cambridge Health Alliance.”


Recenzja Gaffney’a
 jest dobra jako informacja o tym, o czym jest ta książka. Brakuje jej jednak oceny tezy Quammena  i mówi tylko to (obok dużego fragmentu o transferze oporności na antybiotyki przez HGT między bakteriami):

W ostatecznym rachunku Drzewo Życia jest tylko metaforą, ale myślę, że ładną: wiąże nas z liniami rodowymi wszystkich żywych stworzeń całą drogę wstecz aż do woreczka składników chemicznych - lub może jednej cząsteczki – która zlała się pewnego dnia w pierwotnym mule. Niemniej, podobnie jak wszystkie metafory, „drzewo” nie oddaje rzeczywistości. Bowiem w biologii wszystkie granice są zamazane: między gatunkami, czasami także między indywidualnymi organizmami, i prawdopodobnie między tym, co żywe, a tym, co nieżywe.

Nie, nie wszystkie granice są zamazane. Homo sapiens nie rozmnaża się z żadnym innym gatunkiem naczelnych, ani nie robi tego bardzo wiele innych gatunków. I, doprawdy, czy granica między, powiedzmy, Jerrym Coynem a Meryl Streep jest zamazana? Jak? Jeśli chodzi o ”nierzeczywistość” drzewa, nie zgadzam się. Jak długo gatunki powstają przez transformację populacji, zazwyczaj izolowanych geograficzne, historia życia istotnie w znacznej mierze przypomina drzewo. Gdyby nie była, nie bylibyśmy w stanie odtworzyć historii życia. A przecież możemy!


Nowa książka Quammena ma swoje dobre punkty. Na przykład, opowiada konkretnie, jak dokonuje się uprawianie nauki, wraz z rywalizacjami, zazdrościami i obmawianiem. Quammen odrobił lekcję historii. Ale jak zobaczycie z mojej recenzji uważam, że jego doniesienie o śmierci drzewa Darwina jest wielce przesadzone.  

 

h/t: Stephen

My WAPO review of David Quammens new book on evolutionary trees

Why Evolution Is True, 24 sierpnia 2018

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Jerry Coyne

Profesor (emeritus) na wydziale ekologii i ewolucji University of Chicago, jego książka "Why Evolution is True" (Polskie wydanie: "Ewolucja jest faktem", Prószyński i Ska, 2009r.) została przełożona na kilkanaście języków, a przez Richarda Dawkinsa jest oceniana jako najlepsza książka o ewolucji.  Jerry Coyne jest jednym z najlepszych na świecie specjalistów od specjacji, rozdzielania się gatunków.  Jest wielkim miłośnikiem kotów i osobistym przyjacielem redaktor naczelnej.

Skomentuj     Wyślij artykuł do znajomego:     Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 1032 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

Odwołajcie antyszczepionkową konferencję w Tel Awiwie   Blum   2019-11-15
Ewolucja dwunożności   Novella   2019-11-14
Granice „przeskoczenia” progu opłacalności   Lomborg   2019-11-13
Dlaczego nie żyjemy w epoce post-prawdy   Pinker   2019-11-11
Śledząc pochodzenie człowieka   Novella   2019-11-09
Skamieniałe trylobity idące gęsiego. Ale dlaczego to zrobiły?   Coyne   2019-11-06
Saga o złotym ryżu   Novella   2019-11-04
Kolejne badanie rolnictwa organicznego   Novella   2019-11-02
Fabrizio Benedetti pyta: “Czy badania placebo wzmacniają pseudonaukę?”     2019-11-01
Nathaniel Comfort raz jeszcze: nauka nie czyni postępów (czy może robi to?)   Coyne   2019-10-31
Pochwała jednoznaczności   Witkowski   2019-10-29
Stare i nowe  troski o bezpieczeństwo żywnościowe   Ongu   2019-10-28
Powrót Adama i Ewy jako rzeczywistych ludzi, jak proponuje kolejna pseudonaukowa teoria   Coyne   2019-10-25
Pradawne przechowywanie żywności   Novella   2019-10-24
Artykuł w naukowym piśmie ”Nature” dyskredytuje naukę i „scjentyzm”, kwestionuje wartości Oświecenia   Coyne   2019-10-22
Błogosławieni ci, którzy wycofują   Jacoby   2019-10-19
Pro-life czyli czarodziej z Krotoszyna   Koraszewski   2019-10-18
Biologia rozwoju ujawnia ewolucyjną historię   Novella   2019-10-15
Niebezpieczne życie antropologa   Blackwell   2019-10-12
Swędzikami jesień się zaczyna   Łopatniuk   2019-10-11
Jak wieloryb stracił swoje geny   Coyne   2019-10-10
Używanie sztucznej inteligencji do diagnozy   Novella   2019-10-08
Niespodzianka! Koty są tak samo przywiązane do swojego personelu jak psy i niemowlęta   Coyne   2019-10-05
Oburzenie, stronniczość i niestabilność prawdy   Novella   2019-10-04
O zmianie klimatu: ludzkość nie jest „nikczemna”   Lomborg   2019-10-03
Postmodernizm wyjaśniony i krytykowany   Coyne   2019-09-30
Uzdrawianie kryształami   Novella   2019-09-26
Kolejna rewolucja w rolnictwie   Novella   2019-09-24
Opory przeciwko szczelinowaniu są oparte na ideologii, a nie na nauce   Jacoby   2019-09-23
St Paul Island część 5   Lyon   2019-09-21
Co to jest czerwona rtęć?   Novella   2019-09-20
Jaka sztuka siedzi w naszych genach i czy to aby nie kicz?   Koraszewski   2019-09-19
Fałszywe wspomnienia i Fake News   Novella   2019-09-18
Kolejna próba odrzucenia teorii Darwina   Coyne   2019-09-17
Choroba zielonych mięśni   Łopatniuk   2019-09-14
”Sygnalizowanie cnoty” może nas irytować. Cywilizacja byłaby jednak bez niego niemożliwa    Miller   2019-09-13
Foka Weddela wygryza w lodzie otwory do oddychania   Coyne   2019-09-12
DNA i Loch Ness   Novella   2019-09-11
Nowa i ważna czaszka hominina z Etiopii   Coyne   2019-09-10
St Paul Island, Część 4   Lyon   2019-09-06
Biały jak śnieg, żółciutki jak kaczuszka   Łopatniuk   2019-09-04
Pingwiny geje? Nie tak szybko   Coyne   2019-09-03
Czego może nas nauczyć była zwolenniczka antyszczepionkowców, Kelley Watson-Snyder     2019-08-30
Bezzbożowa karma dla psa   Novella   2019-08-29
Odrażające życie płciowe pingwinów białookich   Coyne   2019-08-28
Badanie akupunktury jako terapii na dławicę piersiową   Novella   2019-08-23
Pradawna gigantyczna papuga z Nowej Zelandii: metr wysokości i waga 7 kilogramów!   Coyne   2019-08-22
Alaska — nurniczki i obopólny dobór płciowy   Lyon   2019-08-20
Zła nauka promuje organiczne jabłka   Novella   2019-08-19
Gąsienica zmienia kolor, żeby dopasować się do podłoża nie używając oczu: potrafi widzieć skórą!   Coyne   2019-08-16
Pseudonaukowa histeria to nie jest dobra odpowiedź na klimatyczne wyzwania   Lomborg   2019-08-14
GMO i model deficytu wiedzy   Novella   2019-08-12
Po raz pierwszy użyto edytowania genów CRISPR do leczenia zaburzenia genetycznego – anemii sierpowatej   Coyne   2019-08-08
Maskonury z wyspy St. Paul na Alasce   Lyon   2019-08-07
Zbieg okoliczności czy prawo wielkich liczb?   Novella   2019-08-06
I pijcie łzy moje, czyste rzęsiste   Łopatniuk   2019-08-03
Kształtowanie opinii o nauce i medycynie   Novella   2019-08-02
Nowe badanie dotyczące zwrotu zgubionych portfeli: ludzie na świecie są uczciwsi niż myślisz, ale czytelnik wyliczył, że uczciwość jest większa w mniej religijnych krajach   Coyne   2019-08-01
Praktykowanie medycyny bez uprawnień nie jest wolnością słowa   Novella   2019-07-31
Radujcie się, Ziemia staje się zieleńsza   Ridley   2019-07-30
Spiski wokół ptaków   Novella   2019-07-29
Matt Meselson opisuje swój najsłynniejszy eksperyment (z Frankiem Stahlem)   Coyne   2019-07-26
Niemający rozeznania filozof twierdzi, że gatunki nie istnieją   Coyne   2019-07-23
Więcej złych wiadomości dla dilerów witamin   Novella   2019-07-22
Starożytny ptak z nadzwyczaj długim palcem   Coyne   2019-07-19
YouTube i szarlataneria leczenia raka dietą   Novella   2019-07-18
“Współczesny” Homo sapiens mógł być w Eurazji aż 210 tysięcy lat temu   Coyne   2019-07-17
Hodowanie mini-mózgów z komórek macierzystych   Novella   2019-07-15
Szczepionka HPV działa. Koniec kropka     2019-07-13
Efekt przechodnia   Novella   2019-07-11
Prątkiem w raka, czyli co ma gruźlica do raka pęcherza   Łopatniuk   2019-07-06
Opowieści o nauce zastępują fikcję w Teatrze Narodowym Ugandy   Ongu   2019-07-05
Pleśń w przestrzeni kosmicznej   Novella   2019-07-03
Pterozaury: Czy umiały latać od razu po wykluciu się?   Coyne   2019-07-02
Ludziom rosną rogi? – Złe informowanie o nauce   Novella   2019-07-01
Przemysł ”wellness”   Novella   2019-06-28
Nazywanie zmiany klimatu ”katastrofalną” utrudnia znalezienie realnych odpowiedzi   Lomborg   2019-06-26
Olbrzymie straszyki mają zostać ponownie wprowadzone na wyspę Lord Howe   Coyne   2019-06-25
Amonit (i masa innych stworzeń) znaleziona w birmańskim bursztynie   Coyne   2019-06-21
Ślubowanie o zniesieniu grzechu   Ridley   2019-06-20
Nowe informacje o dzieciach CRISPR   Novella   2019-06-17
Słonie mają fantastyczny węch (lepszy niż psy): są jedynymi zwierzętami, które potrafią rozróżnić inne ilości pokarmu tylko po zapachu   Coyne   2019-06-14
Indyjscy farmerzy wysiali ziarna GMO w proteście obywatelskiego nieposłuszeństwa     2019-06-13
Chcąc zadowolić antyaborcjonistów administracja Trumpa tnie finansowanie badań medycznych przy użyciu tkanki płodowej   Coyne   2019-06-11
Triumf Mao: Światowa Organizacja Zdrowia oficjalnie akceptuje szarlatanerię tradycyjnej chińskiej medycyny     2019-06-04
Ale jak to bezbarwnikowy?   Łopatniuk   2019-06-01
Na zdrowie: izraelscy naukowcy warzą piwo na ”wskrzeszonych” drożdżach sprzed 5000 lat     2019-05-31
Skąd wiemy to, co wiemy?   Novella   2019-05-28
Samice bonobo (ale nie samice szympansów) pomagają swoim synom w zdobywaniu partnerek   Coyne   2019-05-25
Dlaczego ludzie sprzeciwiają się technologiom, które zmniejszają szkody?   Ridley   2019-05-24
Nowa praca o nielotnych chruścielach rażąco przesadzona i wypaczona w popularnych mediach   Coyne   2019-05-22
Trenowanie sztucznej inteligencji, żeby widziała jak człowiek   Novella   2019-05-21
A polać wielką wodą…   Cipiur   2019-05-18
Wykrywanie kłamstw w mózgu   Novella   2019-05-17
Walka o zachowanie bioróżnorodności   Ridley   2019-05-15
Niezwykły przypadek mimikry: skaczący pająk naśladuje gąsienicę   Coyne   2019-05-14
Selektywnie stosowana koncepcja tabula rasa i ideologicznie motywowane nieporozumienia   Cory Clark   2019-05-09
Dlaczego szarlatani nie powinni nadzorować sami siebie     2019-05-08
Kiedy naukowcy nie tolerują odmiennego zdania   Weber   2019-05-07
Przegapione odkrycia w historii nauki   Ridley   2019-05-02

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Schadenfreude



Pseudonaukowa histeria...


Panstwo etc



Biły się dwa bogi


 Forma przejściowa


Wstęga Möbiusa


Przemysł produkcji kłamstw


Jesteś tym, co czytasz,



Radykalne poglądy polityczne


Einstein



Socjologia



Allah stworzyl



Uprzednie doświadczenie



Żydowski exodus



PRL Chrystusem narodów



Odrastające głowy hydry nazizmu



Homeopatia, wibracje i oszustwo


Żołnierz IDF



Prawo powrotu



Mózg i kodowanie predyktywne



Nocna rozmowa



WSzyscy wiedza



Nieustający marsz



Oświecenie Pinker



Alternatywna medycyna zabija



Kobiety ofiarami



Prometeusz



modyfikowana pszenica



Arabowie



Roboty będą uprawiać ziemię



Sumienie, czyli moralność bez smyczy



Skomplikowana ewolucja



Argument neuroróżnorodności



Nowe badanie pamięci długotrwałej


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Malgorzata, Andrzej, Marcin, Henryk