Prawda

Środa, 27 października 2021 - 23:53

« Poprzedni Następny »


Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami: tak postępuje nauka


Matthew Cobb 2016-02-02


Pamiętacie może, że w październiku informowaliśmy o zadziwiającym odkryciu, że, jak to napisałem w tytule: Geny neandertalskie są wszędzie. Do tego czasu sądzono, że tylko populacje ludzkie poza Afryką mają geny neandertalskie jako konsekwencję tego, że nasi przodkowie krzyżowali się z naszymi neandertalskimi kuzynami – głównie w Europie i na Bliskim Wschodzie. Sądzono, że ludzie z Afryki subsaharyjskiej nie mają tych genów, ponieważ ich przodkowie nie opuścili Afryki, a więc nie spotkali neandertalczyków (których przodkowie opuścili Afrykę wiele set tysięcy lat wcześniej).

W październiku grupa badaczy z całego świata pod kierownictwem Gallego Llorente z Cambridge University badała DNA Mota, etiopskiego mężczyzny, który żył około 4,5 tysiąca lat temu. Odkryli, że miał on nieoczekiwanie wysoką proporcję DNA populacji europejskich, włącznie z DNA, które pierwotnie pochodziło od neandertalczyków sprzed ponad 30 tysięcy lat (neandertalczycy wymarli około 35 tysięcy lat temu). Najbardziej ekscytujący fragment raportu pojawił się dalej. Jak wówczas napisałem:

Kiedy badacze porównali DNA Moty z nowoczesnymi populacjami afrykańskimi, stwierdzili, że sekwencje europejskie, jakie posiadał, są także obecne głęboko na kontynencie, nawet wśród Pigmejów z Kongo. Także genomy afrykańskie, takie jak ludów Joruba i Mtubi, o których sądzono, że uniknęły krzyżowania się z Europejczykami, okazały się posiadać około 6% europejskiego DNA, podobnie jak Mota. (…)


Ostatnie odkrycie nadeszło, kiedy badacze spojrzeli na DNA neandertalskie. Mota miał to DNA, tak samo jak ja, ponieważ jego przodkowie krzyżowali się z neandertalczykami dziesiątki tysięcy lat wcześniej.


I okazało się, że niektóre z tych neandertalskich sekwencji można także odkryć obecnie w populacji afrykańskiej. Są bardzo rozcieńczone – około 0,5% - ale są wyraźne. Nie wskazują na to, że neandertalczycy byli w Afryce, ale raczej, że kiedy potomstwo Moty i innych posiadaczy imigranckich genów europejskich szerzyło swój DNA w Afryce, szerzyli także niewielką ilość DNA neandertalskiego.

To było zdumiewające i następnego dnia, podekscytowany, zmieniłem wykład, jaki wygłaszałem dla moich studentów pierwszego roku. Od tego czasu wyjaśniałem na rozmaitych wykładach publicznych, że wszyscy mamy geny neandertalskie, włącznie z ludźmi pochodzenia afro karaibskiego.


Teraz okazuje się, że nie jest to prawda.


Autorzy opublikowali notę o błędzie, żeby wyjaśnić, gdzie powstał błąd, wraz z aktualną wersją wykresów i tabel. Jeśli chcecie technicznego wyjaśnienia, oto ono:

Skrypt niezbędny do przekonwertowania danych wejściowych wyprodukowanych przez  samtools v0.1.19, by były kompatybilne z PLINK, nie został włączony przy połączeniu prastarego genomu, Mota, z macierzą SNP, prowadząc do tego, że pozycje homozygotyczne do ludzkiego genomu odnośnikowego zostały pominięte jako „brakujące dane”  

A znaczy to, że zapomnieli włączyć pewien program komputerowy (“skrypt”), który zharmonizowałby dane wyjściowe dwóch różnych programów użytych do analizy Mota i współczesnej populacji subsaharyjskiej. Kiedy zrobili to, większość efektu zniknęła.


Jak wyjaśnia Ewan Callaway, błąd wyszedł na jaw, kiedy dwóch badaczy, Pontus Skoglund i David Reich próbowali powtórzyć badanie, przeprowadzając własną analizę genomu Mota. Nie udało im się i zaalarmowali autorów oryginalnego badania, którzy wkrótce znaleźli błąd. W sposób wzorowy poinformowali wszystkich o swoim błędzie i poprawili swoje dane.


Wniosek jest taki, że chociaż była migracja z powrotem do Afryki (rozkosznie nazywana “przepływem zwrotnym”), była ona znacznie mniej rozległa pod względem geograficznym niż twierdzili autorzy. Europejskie geny, jakie miał Mota, nie przepłynęły całą drogę w dół Afryki i dzisiejsze populacje subsaharyjskie nie mają nieoczekiwanie wysokich poziomów DNA europejskiego, a więc i neandertalskiego. Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami.


Poniższe dwie ilustracje pokazują różnice w analizach. Pierwsza jest z artykułu z października 2015 r., druga, poprawiona wersja jest z Erraty:


Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ
Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ



Wiele nauk z tego wynika. Przede wszystkim, czapki z głów dla Llorente i zespołu, autorów oryginalnego badania, za powszechne udostępnienie swoich danych, żeby lekko zdziwieni naukowcy, tacy jak Skoglund i Reich, mogli zbadać to, co wydawało im się nieprawdopodobnym wynikiem. I jeszcze więcej pochwał za tak szybkie opublikowanie sprostowania. Tak działa nauka – jeśli coś wydaje się dziwaczne i jest niepoprawne, powinno zostać poprawione przez nieodłączne od nauki kwestionowanie w oparciu o eksperymenty.


Jest tu jeszcze jedna nauka. Wiele nowoczesnych badań opiera się na skomplikowanych analizach, które mogą być trudne do zrozumienia dla ludzi spoza grupy badawczej, która je prowadziła. Wiele więc przyjmuje się na słowo; gdyby wynik nie był niezwykły, błąd mógłby nigdy nie wyjść na jaw. Miałem podobny problem, kiedy ekscytujące wyniki, jakie znaleźliśmy, okazały się artefaktem stworzonym przez błąd w skrypcie komputerowym. Chociaż praca nie była opublikowana i nie musieliśmy jej wycofywać, prawdopodobnie zmarnowaliśmy około 18 miesięcy, podniecając się czymś, czego tam nie było…


Na koniec – co z moimi studentami? Powiedziałem im o artykule o Mota i o tym, jak wszyscy mają geny neandertalskie, także ci o pochodzeniu afro karaibskim. Oczywiście zmienię wykład w przyszłym roku, ale moi studenci – z których wielu nie będzie więcej uczęszczało na żadne kursy o ewolucji człowieka – mogą nigdy nie odkryć, że to, co im powiedziałem, było błędne. I co ze studentami w przyszłym roku? Czy mam im opowiedzieć całą historię jako przykład, jak działa nauka? Jeśli tak, to wiem z gorzkiego doświadczenia, że pokaźna liczba wśród nich zapamięta błędny wynik, nie zaś lekcję o nauce. Myślę, że nie poruszę tego na wykładzie, ale zamieszczę link do tego postu i do postu z października. Do postu z października dodam także odnośnik do tej poprawki.


We are not all neanderthal. This is how science proceeds

Why Evolution Is True, 30 stycznia 2016

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Matthew Cobb

Biolog i pisarz, mieszka i pracuje w Manchesterze, niedawno w Stanach Zjednoczonych ukazała się jego książka „Generation”, a w Wielkiej Brytanii „The Egg & Sperm Race”. Systematycznie publikuje w "LA Times", "Times Literary Supplement", oraz "Journal of Experimental Biology".


Skomentuj     Wyślij artykuł do znajomego:     Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 1236 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

“Czarne tygrysy” w małym indyjskim rezerwacie sugerują losowy dryf genetyczny   Coyne   2021-10-26
Wytwarzanie białek w roślinach przez rolnictwo molekularne   Novella   2021-10-20
Strzelby, zarazki, maszyny to zdecydowanie antyrasistowska książka. Dlaczego lewica jej nie kocha?   Barnett   2021-10-13
Nigeryjscy farmerzy nie mogą się doczekać wystarczających ilości GM nasion wspięgi wężowatej   Gakpo   2021-10-12
Dobór płciowy versus dobór naturalny: na przykładzie chrząszczy   Coyne   2021-10-08
Edytowanie genów kluczem do ulepszenia podstawowych upraw w Afryce   Abugu   2021-10-01
Bakłażan GMO jest udokumentowaną wygraną ubogich farmerów   Conrow   2021-09-23
O Jezu, wskrzeszają mamuta!   Koraszewski   2021-09-17
Wszystkie antyizraelskie wiadomości zasługują na publikację   Bard   2021-09-04
Tożsamość etniczna i rasa   Coyne   2021-08-30
Środowiskowcy mylili się – nie stoimy przed apokalipsą owadów   Ridley   2021-08-13
Czy znaleziono najstarszy dowód na istnienie zwierzęcia? Nowa gąbko-podobna skamieniałość liczy 890 milionów lat   Coyne   2021-08-11
Psy rozumieją ludzi   Novella   2021-08-06
Nowy start nauki o życiu w epoce genu   Ridley   2021-08-05
Użycie ognia przez homininy: przykład szybkiej ewolucji kulturowej?   Coyne   2021-08-04
Historia pandemii jest historią zaprzeczania   Jackoby   2021-07-27
Nieuchwytny neuron babci   Novella   2021-07-22
Cierpienie i pytanie, czy przestaniemy jeść mięso   Koraszewski   2021-07-14
Czy nadchodzi hydroponika?   Novella   2021-07-13
Raport Unii Europejskiej o glifosacie   Novella   2021-07-10
Dlaczego ideologii nie należy mieszać z nauką   Coyne   2021-06-30
Nagonka na Izrael grasuje w stowarzyszeniach nauk ścisłych, medycyny i edukacji   Chesler   2021-06-24
Szczęśliwi pracoholicy   Witkowski   2021-06-03
Propaganda w wykonaniu nauczycieli akademickich   Chesler   2021-06-02
Ewolucja wielokomórkowości   Novella   2021-05-07
Polityczna polaryzacja jest przesadzona   Novella   2021-05-04
Wrotki były kiedyś sztandarową grupą istot bez seksu, a teraz sądzi się, że ukradkiem odstawiają szybkie numerki   Coyne   2021-04-22
Błędna historia antykolonializmu   Tupy   2021-04-21
Mayflower wyrusza w podróż raz jeszcze   Koraszewski   2021-04-19
Genetyczny przełącznik CRISPR   Novella   2021-04-16
Wielkie zdarzenie oksydacyjne   Novela   2021-04-09
Kiedy panika klimatyczna zlewa się z kulturą anulowania   Lomborg   2021-04-06
Czy wykształceni ludzie są bardziej antysemiccy?   Albert Cheng i Ian Kingsbury   2021-04-05
Nieoczekiwana historia i cudowny sukces szczepionek   Ridley   2021-03-31
Innowacja jest geograficznie zlokalizowanym i chwilowym zjawiskiem   Ridley   2021-03-29
Czy gąbki są najbliższymi krewnymi pozostałych zwierząt?   Coyne   2021-03-26
Kilka lekcji z rosyjskiej rewolucji. Jak kuszący radykalny nihilizm prowadzi do ekstremizmu   Geifman   2021-03-22
Wracamy do raju?   Łukaszewski   2021-03-18
Ślimakowi morskiemu odrasta tułów z odciętej głowy, czyli “autotomia z kleptoplastią”   Coyne   2021-03-15
Ewolucyjne korzyści udawania ofiary   Clark   2021-03-11
Ludzie i wymieranie megafauny   Novella   2021-03-10
Banany edytowane przez CRISPR   Novella   2021-03-02
Nikczemne grzyby naśladują kwiaty trawy, by ułatwić własne rozmnażanie się   Coyne   2021-02-26
Co zabiło megafaunę Ameryki Północnej?   Novella   2021-02-25
Stresy i nowe szczepy wirusa   Ridley   2021-02-12
EWOLUCJA wirusa Covid-19   Coyne   2021-02-10
Czy „toksyczna kobiecość” jest główną przyczyną bojów o społeczną sprawiedliwość?   Coyne   2021-02-08
Najmniejszy gad (i owodniowiec) świata: BARDZO mały kameleon   Coyne   2021-02-05
Dlaczego kocimiętka i matatabi doprowadzają koty do szaleństwa? Grupa badaczy mówi, że te rośliny mogą chronić je przed komarami   Coyne   2021-02-02
Bądźcie sceptyczni wobec wideo pokazujących “skutki uboczne” szczepionki   Novella   2021-01-28
Szaleństwo odnawialnej energii   Ridley   2021-01-23
Głębia ludzkiej historii   Novella   2021-01-19
Dlaczego szczepionki mRNA mogą zrewolucjonizować medycynę?   Ridley   2021-01-02
Szczepionka mRNA na koronawirusa: świadectwo ludzkiej pomysłowości i mocy nauki   Coyne   2021-01-01
Dziwaczny rodzaj rasistowskiego patriarchatu   Arora   2020-12-31
Centrala muszek owocowych: Bloomington Drosophila Stock Center   Coyne   2020-12-29
Pierwszy raport o używaniu narzędzi przez pszczoły: rodzimy gatunek używa grudek łajna, by odeprzeć drapieżne szerszenie   Coyne   2020-12-23
Nie – żadne chi nie istnieje   Novella   2020-12-21
Moc nauki dostarczyła najlepszej możliwej wiadomości w tym koszmarnym roku   Ridley   2020-12-18
Szczątkowa cecha ptaków, która mogła być funkcjonalna u przodków: zdalne wyczuwanie drgań dziobem (nadal czynne u kiwi)   Coyne   2020-12-16
Paradoks wielce niedoskonałego dobra   Koraszewski   2020-12-11
Nasiona roślin ewoluują, by upodobnić się odchodów antylopy, a oszukane żuki gnojowe odtaczają i zagrzebują nasiona   Coyne   2020-12-10
AI – asystent lekarza   Novella   2020-12-09
Czy problem zwijania białka został rozwiązany?   Coyne   2020-12-05
„Gryzoń skunksowy”, który żuje trujące rośliny i wypluwa truciznę na swoje futro   Coyne   2020-12-02
Intensywne zbieranie leczniczej rośliny przez ludzi prowadzi do ewolucji nowych kolorów liści i kwiatów   Coyne   2020-11-28
Jak ewoluuuje altruizm?   Coyne   2020-11-25
Filozof zainfekowany efektem potwierdzenia wyjaśnia, dlaczego ewolucja dowodzi Boga   Coyne   2020-11-23
Według nowych badań są cztery gatunki pingwinów białobrewych, a nie tylko jeden   Coyne   2020-11-19
Gra w łajdactwo, by zrozumieć łajdaków   Novella   2020-11-18
Ewolucja psów   Novella   2020-11-09
Genomowa i ewolucyjna analiza wymarłego kota szablozębnego   Coyne   2020-10-31
Zakład Simon-Ehrlich po 40 latach   Gale L. Pooley   2020-10-23
Używające narzędzi mrówki budują struktury, by spijać roztwór cukru w pojemnikach, nie topiąc się   Coyne   2020-10-22
Czego pandemia nauczyła nas o nauce?   Ridley   2020-10-19
Przeddarwinowscy “darwiniści”   Berry   2020-10-16
Covid 19 może przejmować kontrolę nad receptorami bólu, uśmierzając ból i podnosząc szerzenie się choroby: możliwy rezultat doboru naturalnego   Coyne   2020-10-15
Znowu wrzawa, że “teoria ewolucji wywrócona”, ale jak zwykle, robią z igły widły   Coyne   2020-10-13
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 4. Rzekome znaczenie dryfu genetycznego w ewolucji   Coyne   2020-10-09
Chromosomy Y ludzi, neandertalczyków i denisowian   Novella   2020-10-08
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 3. Rzekome znaczenie epigenetyki w ewolucji   Coyne   2020-10-07
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 2. Rzekome nieistnienie gatunków   Coyne   2020-10-05
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 1. Genetyczna plastyczność    Coyne   2020-10-03
“New Scientist”: Darwin jednak miał rację    Coyne   2020-10-01
Uprawy GMO i wzrost plonów   Novella   2020-09-28
Książka o psychologii ewolucyjnej, która pokazuje wartość tej dziedziny – ale nie wartość memów   Coyne   2020-09-22
Przyjemności seksu i jagód   Ridley   2020-09-18
Czy można falsyfikować naukowe teorie? Naukowiec odpowiada, że “nie”   Coyne   2020-09-12
Naukowe pismo “Nature” przystaje do Przebudzonych twierdząc, że zarówno płeć, jak gender są niebinarne   Coyne   2020-09-09
Wybór ostatecznej wolności   Witkowski   2020-09-07
Polio zlikwidowane w Afryce   Novella   2020-09-05
Czy wyrazy ludzkiej twarzy są uniwersalne w okazywaniu emocji?   Coyne   2020-09-02
Barwny erudyta J.B.S. Haldane   Coyne   2020-08-28
Modelowanie zbijania się pingwinów cesarskich w gromadę: każdy dostaje równie dużo ciepła   Coyne   2020-08-25
Jak algorytmy wpływają na twoje życie   Novella   2020-08-24
Z okazji dziewięćdziesiątych urodzin Thomasa Sowella   Jacoby   2020-08-22
Prawdziwie długa szyja: 6-metrowy wodny gad z triasu z szyją długości 2,7 metra   Coyne   2020-08-19
Wątrobiane duszki   Novella   2020-08-17
Rozrzedzanie krwi bez groźby krwawienia   Novella   2020-08-14
Nowy raport: Bakteria po stu milionach lat nadal żywa!   Coyne   2020-08-08

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Bohaterzy chińskiego narodu



Naukowcy Unii Europejskiej



Teoria Rasy



Przekupieni



Heretycki impuls



Nie klanial



Cervantes



Wojaki Chrystusa



 Palestyńskie weto



Wzmacnianie układu odpornościowego



Wykluczenie Tajwanu z WHO



Drzazgę źle się czyta



Sześć lat



Pochodzenie



Papież Franciszek



Schadenfreude



Pseudonaukowa histeria...


Panstwo etc



Biły się dwa bogi


 Forma przejściowa


Wstęga Möbiusa


Przemysł produkcji kłamstw


Jesteś tym, co czytasz,



Radykalne poglądy polityczne


Einstein



Socjologia



Allah stworzyl



Uprzednie doświadczenie



Żydowski exodus



PRL Chrystusem narodów



Odrastające głowy hydry nazizmu



Homeopatia, wibracje i oszustwo


Żołnierz IDF



Prawo powrotu


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Malgorzata, Andrzej, Marcin, Henryk