Prawda

Piątek, 28 lutego 2020 - 06:00

« Poprzedni Następny »


Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami: tak postępuje nauka


Matthew Cobb 2016-02-02


Pamiętacie może, że w październiku informowaliśmy o zadziwiającym odkryciu, że, jak to napisałem w tytule: Geny neandertalskie są wszędzie. Do tego czasu sądzono, że tylko populacje ludzkie poza Afryką mają geny neandertalskie jako konsekwencję tego, że nasi przodkowie krzyżowali się z naszymi neandertalskimi kuzynami – głównie w Europie i na Bliskim Wschodzie. Sądzono, że ludzie z Afryki subsaharyjskiej nie mają tych genów, ponieważ ich przodkowie nie opuścili Afryki, a więc nie spotkali neandertalczyków (których przodkowie opuścili Afrykę wiele set tysięcy lat wcześniej).

W październiku grupa badaczy z całego świata pod kierownictwem Gallego Llorente z Cambridge University badała DNA Mota, etiopskiego mężczyzny, który żył około 4,5 tysiąca lat temu. Odkryli, że miał on nieoczekiwanie wysoką proporcję DNA populacji europejskich, włącznie z DNA, które pierwotnie pochodziło od neandertalczyków sprzed ponad 30 tysięcy lat (neandertalczycy wymarli około 35 tysięcy lat temu). Najbardziej ekscytujący fragment raportu pojawił się dalej. Jak wówczas napisałem:

Kiedy badacze porównali DNA Moty z nowoczesnymi populacjami afrykańskimi, stwierdzili, że sekwencje europejskie, jakie posiadał, są także obecne głęboko na kontynencie, nawet wśród Pigmejów z Kongo. Także genomy afrykańskie, takie jak ludów Joruba i Mtubi, o których sądzono, że uniknęły krzyżowania się z Europejczykami, okazały się posiadać około 6% europejskiego DNA, podobnie jak Mota. (…)


Ostatnie odkrycie nadeszło, kiedy badacze spojrzeli na DNA neandertalskie. Mota miał to DNA, tak samo jak ja, ponieważ jego przodkowie krzyżowali się z neandertalczykami dziesiątki tysięcy lat wcześniej.


I okazało się, że niektóre z tych neandertalskich sekwencji można także odkryć obecnie w populacji afrykańskiej. Są bardzo rozcieńczone – około 0,5% - ale są wyraźne. Nie wskazują na to, że neandertalczycy byli w Afryce, ale raczej, że kiedy potomstwo Moty i innych posiadaczy imigranckich genów europejskich szerzyło swój DNA w Afryce, szerzyli także niewielką ilość DNA neandertalskiego.

To było zdumiewające i następnego dnia, podekscytowany, zmieniłem wykład, jaki wygłaszałem dla moich studentów pierwszego roku. Od tego czasu wyjaśniałem na rozmaitych wykładach publicznych, że wszyscy mamy geny neandertalskie, włącznie z ludźmi pochodzenia afro karaibskiego.


Teraz okazuje się, że nie jest to prawda.


Autorzy opublikowali notę o błędzie, żeby wyjaśnić, gdzie powstał błąd, wraz z aktualną wersją wykresów i tabel. Jeśli chcecie technicznego wyjaśnienia, oto ono:

Skrypt niezbędny do przekonwertowania danych wejściowych wyprodukowanych przez  samtools v0.1.19, by były kompatybilne z PLINK, nie został włączony przy połączeniu prastarego genomu, Mota, z macierzą SNP, prowadząc do tego, że pozycje homozygotyczne do ludzkiego genomu odnośnikowego zostały pominięte jako „brakujące dane”  

A znaczy to, że zapomnieli włączyć pewien program komputerowy (“skrypt”), który zharmonizowałby dane wyjściowe dwóch różnych programów użytych do analizy Mota i współczesnej populacji subsaharyjskiej. Kiedy zrobili to, większość efektu zniknęła.


Jak wyjaśnia Ewan Callaway, błąd wyszedł na jaw, kiedy dwóch badaczy, Pontus Skoglund i David Reich próbowali powtórzyć badanie, przeprowadzając własną analizę genomu Mota. Nie udało im się i zaalarmowali autorów oryginalnego badania, którzy wkrótce znaleźli błąd. W sposób wzorowy poinformowali wszystkich o swoim błędzie i poprawili swoje dane.


Wniosek jest taki, że chociaż była migracja z powrotem do Afryki (rozkosznie nazywana “przepływem zwrotnym”), była ona znacznie mniej rozległa pod względem geograficznym niż twierdzili autorzy. Europejskie geny, jakie miał Mota, nie przepłynęły całą drogę w dół Afryki i dzisiejsze populacje subsaharyjskie nie mają nieoczekiwanie wysokich poziomów DNA europejskiego, a więc i neandertalskiego. Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami.


Poniższe dwie ilustracje pokazują różnice w analizach. Pierwsza jest z artykułu z października 2015 r., druga, poprawiona wersja jest z Erraty:


Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ
Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ



Wiele nauk z tego wynika. Przede wszystkim, czapki z głów dla Llorente i zespołu, autorów oryginalnego badania, za powszechne udostępnienie swoich danych, żeby lekko zdziwieni naukowcy, tacy jak Skoglund i Reich, mogli zbadać to, co wydawało im się nieprawdopodobnym wynikiem. I jeszcze więcej pochwał za tak szybkie opublikowanie sprostowania. Tak działa nauka – jeśli coś wydaje się dziwaczne i jest niepoprawne, powinno zostać poprawione przez nieodłączne od nauki kwestionowanie w oparciu o eksperymenty.


Jest tu jeszcze jedna nauka. Wiele nowoczesnych badań opiera się na skomplikowanych analizach, które mogą być trudne do zrozumienia dla ludzi spoza grupy badawczej, która je prowadziła. Wiele więc przyjmuje się na słowo; gdyby wynik nie był niezwykły, błąd mógłby nigdy nie wyjść na jaw. Miałem podobny problem, kiedy ekscytujące wyniki, jakie znaleźliśmy, okazały się artefaktem stworzonym przez błąd w skrypcie komputerowym. Chociaż praca nie była opublikowana i nie musieliśmy jej wycofywać, prawdopodobnie zmarnowaliśmy około 18 miesięcy, podniecając się czymś, czego tam nie było…


Na koniec – co z moimi studentami? Powiedziałem im o artykule o Mota i o tym, jak wszyscy mają geny neandertalskie, także ci o pochodzeniu afro karaibskim. Oczywiście zmienię wykład w przyszłym roku, ale moi studenci – z których wielu nie będzie więcej uczęszczało na żadne kursy o ewolucji człowieka – mogą nigdy nie odkryć, że to, co im powiedziałem, było błędne. I co ze studentami w przyszłym roku? Czy mam im opowiedzieć całą historię jako przykład, jak działa nauka? Jeśli tak, to wiem z gorzkiego doświadczenia, że pokaźna liczba wśród nich zapamięta błędny wynik, nie zaś lekcję o nauce. Myślę, że nie poruszę tego na wykładzie, ale zamieszczę link do tego postu i do postu z października. Do postu z października dodam także odnośnik do tej poprawki.


We are not all neanderthal. This is how science proceeds

Why Evolution Is True, 30 stycznia 2016

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Matthew Cobb

Biolog i pisarz, mieszka i pracuje w Manchesterze, niedawno w Stanach Zjednoczonych ukazała się jego książka „Generation”, a w Wielkiej Brytanii „The Egg & Sperm Race”. Systematycznie publikuje w "LA Times", "Times Literary Supplement", oraz "Journal of Experimental Biology".


Skomentuj     Wyślij artykuł do znajomego:     Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 1074 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

Odkrycie antybiotyku przez AI   Novella   2020-02-27
Wizyta w Andach u łysek rogatych   Lyon   2020-02-26
Zioła nie pomagają na utratę wagi   Novella   2020-02-25
Dawkins pisze tweeta   Coyne   2020-02-24
W obronie binarności płci u ludzi   Coyne   2020-02-21
Nie palmy pieniędzy na ołtarzu zielonej manii   Lomborg   2020-02-20
Więcej dowodów ewolucji: końskie zarodki zaczynają tworzyć pięć palców, a cztery zawiązki znikają   Coyne   2020-02-18
Homeopatyczny rentgen   Novella   2020-02-14
Różnice płci w wyborze zabawek: chłopcy bawią się chłopięcymi zabawkami, dziewczynki dziewczęcymi zabawkami   Coyne   2020-02-13
Śmiertelność z powodu raka nadal spada wbrew twierdzeniom szarlatanów     2020-02-11
Odkrycie w immunologii, a leczenie nowotworów   Novella   2020-02-10
Ponowne psucie nauki przez ideologię: ”Slate” wypacza biologię ewolucyjną, by wyglądała na kapitalistyczną i antysocjalistyczną   Coyne   2020-02-07
Flamingi z braku łysek rogatych   Lyon   2020-02-06
Moja ostatnia praca badawcza. Część 3: Znaczenie   Coyne   2020-02-04
Moja ostatnia praca badawcza. Część 2: Wyniki   Coyne   2020-02-03
Moja ostatnia praca badawcza: Część 1: Cele i metody   Coyne   2020-02-01
Ewolucyjne wyjaśnienie nienaukowych przekonań   Bretl   2020-01-31
Zdumiewająca mimikra   Coyne   2020-01-27
Reality check: Pęd do szybkiej „zerowej” emisji to gwarancja przegranej   Lomborg   2020-01-27
Sfuszerowany artykuł o biologii w „Washington Post”   Coyne   2020-01-24
Punkty dla Ameryki w konflikcie między Iranem i USA   Destexhe   2020-01-24
Zbliżanie się do rozumienia pamięci   Novella   2020-01-22
Z perspektywy naszego kurnika   Witkowski   2020-01-16
Fałszywa pokora nie uratuje planety   Boudry   2020-01-09
Złoty ryż zatwierdzony na Filipinach   Novella   2020-01-07
Cudowna animacja DNA i komórek   Coyne   2020-01-06
Dychotomiczne myślenie, niepewność i zaprzeczanie nauce     2020-01-01
Mieliśmy najlepszą dekadę w historii. Naprawdę   Ridley   2019-12-31
Kreacjonista opowiada się za ”argumentem z niedowierzania”   Coyne   2019-12-26
Biologia męskiej agresji i dlaczego nie jest to tylko „socjalizacja”   Coyne   2019-12-24
Wydajność, wyzysk, wybory   Koraszewski   2019-12-23
Społecznościowe finansowanie szarlatanerii   Novella   2019-12-20
Wykład Dawkinsa o czerpaniu odwagi z darwinizmu   Coyne   2019-12-18
Uprawy GM, takie jak Złoty Ryż, uratują życie setek tysięcy dzieci   Ridey   2019-12-13
Darwin, lisy i inne ssaki na Falklandach   Mayer   2019-12-11
Wirtualna edukacja   Novella   2019-12-03
Teoria klasy próżniaczej Thorsteina Veblena – uaktualnienie statusu   Henderson   2019-12-02
Punkt szczytowy inteligencji   Novella   2019-11-30
Likwidowanie przeziębienia miedzią   Novella   2019-11-27
Dlaczego wyjaśnianie problemów przez biały przywilej jest niesłuszne   Rob Henderson   2019-11-25
LiveScience zachwala panpsychizm jako rozwiązanie trudnego problemu świadomości   Coyne   2019-11-22
Jak walczyć z firehosing   Novella   2019-11-19
Odwołajcie antyszczepionkową konferencję w Tel Awiwie   Blum   2019-11-15
Ewolucja dwunożności   Novella   2019-11-14
Granice „przeskoczenia” progu opłacalności   Lomborg   2019-11-13
Dlaczego nie żyjemy w epoce post-prawdy   Pinker   2019-11-11
Śledząc pochodzenie człowieka   Novella   2019-11-09
Skamieniałe trylobity idące gęsiego. Ale dlaczego to zrobiły?   Coyne   2019-11-06
Saga o złotym ryżu   Novella   2019-11-04
Kolejne badanie rolnictwa organicznego   Novella   2019-11-02
Fabrizio Benedetti pyta: “Czy badania placebo wzmacniają pseudonaukę?”     2019-11-01
Nathaniel Comfort raz jeszcze: nauka nie czyni postępów (czy może robi to?)   Coyne   2019-10-31
Pochwała jednoznaczności   Witkowski   2019-10-29
Stare i nowe  troski o bezpieczeństwo żywnościowe   Ongu   2019-10-28
Powrót Adama i Ewy jako rzeczywistych ludzi, jak proponuje kolejna pseudonaukowa teoria   Coyne   2019-10-25
Pradawne przechowywanie żywności   Novella   2019-10-24
Artykuł w naukowym piśmie ”Nature” dyskredytuje naukę i „scjentyzm”, kwestionuje wartości Oświecenia   Coyne   2019-10-22
Błogosławieni ci, którzy wycofują   Jacoby   2019-10-19
Pro-life czyli czarodziej z Krotoszyna   Koraszewski   2019-10-18
Biologia rozwoju ujawnia ewolucyjną historię   Novella   2019-10-15
Niebezpieczne życie antropologa   Blackwell   2019-10-12
Swędzikami jesień się zaczyna   Łopatniuk   2019-10-11
Jak wieloryb stracił swoje geny   Coyne   2019-10-10
Używanie sztucznej inteligencji do diagnozy   Novella   2019-10-08
Niespodzianka! Koty są tak samo przywiązane do swojego personelu jak psy i niemowlęta   Coyne   2019-10-05
Oburzenie, stronniczość i niestabilność prawdy   Novella   2019-10-04
O zmianie klimatu: ludzkość nie jest „nikczemna”   Lomborg   2019-10-03
Postmodernizm wyjaśniony i krytykowany   Coyne   2019-09-30
Uzdrawianie kryształami   Novella   2019-09-26
Kolejna rewolucja w rolnictwie   Novella   2019-09-24
Opory przeciwko szczelinowaniu są oparte na ideologii, a nie na nauce   Jacoby   2019-09-23
St Paul Island część 5   Lyon   2019-09-21
Co to jest czerwona rtęć?   Novella   2019-09-20
Jaka sztuka siedzi w naszych genach i czy to aby nie kicz?   Koraszewski   2019-09-19
Fałszywe wspomnienia i Fake News   Novella   2019-09-18
Kolejna próba odrzucenia teorii Darwina   Coyne   2019-09-17
Choroba zielonych mięśni   Łopatniuk   2019-09-14
”Sygnalizowanie cnoty” może nas irytować. Cywilizacja byłaby jednak bez niego niemożliwa    Miller   2019-09-13
Foka Weddela wygryza w lodzie otwory do oddychania   Coyne   2019-09-12
DNA i Loch Ness   Novella   2019-09-11
Nowa i ważna czaszka hominina z Etiopii   Coyne   2019-09-10
St Paul Island, Część 4   Lyon   2019-09-06
Biały jak śnieg, żółciutki jak kaczuszka   Łopatniuk   2019-09-04
Pingwiny geje? Nie tak szybko   Coyne   2019-09-03
Czego może nas nauczyć była zwolenniczka antyszczepionkowców, Kelley Watson-Snyder     2019-08-30
Bezzbożowa karma dla psa   Novella   2019-08-29
Odrażające życie płciowe pingwinów białookich   Coyne   2019-08-28
Badanie akupunktury jako terapii na dławicę piersiową   Novella   2019-08-23
Pradawna gigantyczna papuga z Nowej Zelandii: metr wysokości i waga 7 kilogramów!   Coyne   2019-08-22
Alaska — nurniczki i obopólny dobór płciowy   Lyon   2019-08-20
Zła nauka promuje organiczne jabłka   Novella   2019-08-19
Gąsienica zmienia kolor, żeby dopasować się do podłoża nie używając oczu: potrafi widzieć skórą!   Coyne   2019-08-16
Pseudonaukowa histeria to nie jest dobra odpowiedź na klimatyczne wyzwania   Lomborg   2019-08-14
GMO i model deficytu wiedzy   Novella   2019-08-12
Po raz pierwszy użyto edytowania genów CRISPR do leczenia zaburzenia genetycznego – anemii sierpowatej   Coyne   2019-08-08
Maskonury z wyspy St. Paul na Alasce   Lyon   2019-08-07
Zbieg okoliczności czy prawo wielkich liczb?   Novella   2019-08-06
I pijcie łzy moje, czyste rzęsiste   Łopatniuk   2019-08-03
Kształtowanie opinii o nauce i medycynie   Novella   2019-08-02
Nowe badanie dotyczące zwrotu zgubionych portfeli: ludzie na świecie są uczciwsi niż myślisz, ale czytelnik wyliczył, że uczciwość jest większa w mniej religijnych krajach   Coyne   2019-08-01

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Sześć lat



Pochodzenie



Papież Franciszek



Schadenfreude



Pseudonaukowa histeria...


Panstwo etc



Biły się dwa bogi


 Forma przejściowa


Wstęga Möbiusa


Przemysł produkcji kłamstw


Jesteś tym, co czytasz,



Radykalne poglądy polityczne


Einstein



Socjologia



Allah stworzyl



Uprzednie doświadczenie



Żydowski exodus



PRL Chrystusem narodów



Odrastające głowy hydry nazizmu



Homeopatia, wibracje i oszustwo


Żołnierz IDF



Prawo powrotu



Mózg i kodowanie predyktywne



Nocna rozmowa



WSzyscy wiedza



Nieustający marsz



Oświecenie Pinker



Alternatywna medycyna zabija



Kobiety ofiarami



Prometeusz



modyfikowana pszenica



Arabowie



Roboty będą uprawiać ziemię



Sumienie, czyli moralność bez smyczy


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Malgorzata, Andrzej, Marcin, Henryk