Prawda

Piątek, 29 marca 2024 - 11:05

« Poprzedni Następny »


Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami: tak postępuje nauka


Matthew Cobb 2016-02-02


Pamiętacie może, że w październiku informowaliśmy o zadziwiającym odkryciu, że, jak to napisałem w tytule: Geny neandertalskie są wszędzie. Do tego czasu sądzono, że tylko populacje ludzkie poza Afryką mają geny neandertalskie jako konsekwencję tego, że nasi przodkowie krzyżowali się z naszymi neandertalskimi kuzynami – głównie w Europie i na Bliskim Wschodzie. Sądzono, że ludzie z Afryki subsaharyjskiej nie mają tych genów, ponieważ ich przodkowie nie opuścili Afryki, a więc nie spotkali neandertalczyków (których przodkowie opuścili Afrykę wiele set tysięcy lat wcześniej).

W październiku grupa badaczy z całego świata pod kierownictwem Gallego Llorente z Cambridge University badała DNA Mota, etiopskiego mężczyzny, który żył około 4,5 tysiąca lat temu. Odkryli, że miał on nieoczekiwanie wysoką proporcję DNA populacji europejskich, włącznie z DNA, które pierwotnie pochodziło od neandertalczyków sprzed ponad 30 tysięcy lat (neandertalczycy wymarli około 35 tysięcy lat temu). Najbardziej ekscytujący fragment raportu pojawił się dalej. Jak wówczas napisałem:

Kiedy badacze porównali DNA Moty z nowoczesnymi populacjami afrykańskimi, stwierdzili, że sekwencje europejskie, jakie posiadał, są także obecne głęboko na kontynencie, nawet wśród Pigmejów z Kongo. Także genomy afrykańskie, takie jak ludów Joruba i Mtubi, o których sądzono, że uniknęły krzyżowania się z Europejczykami, okazały się posiadać około 6% europejskiego DNA, podobnie jak Mota. (…)


Ostatnie odkrycie nadeszło, kiedy badacze spojrzeli na DNA neandertalskie. Mota miał to DNA, tak samo jak ja, ponieważ jego przodkowie krzyżowali się z neandertalczykami dziesiątki tysięcy lat wcześniej.


I okazało się, że niektóre z tych neandertalskich sekwencji można także odkryć obecnie w populacji afrykańskiej. Są bardzo rozcieńczone – około 0,5% - ale są wyraźne. Nie wskazują na to, że neandertalczycy byli w Afryce, ale raczej, że kiedy potomstwo Moty i innych posiadaczy imigranckich genów europejskich szerzyło swój DNA w Afryce, szerzyli także niewielką ilość DNA neandertalskiego.

To było zdumiewające i następnego dnia, podekscytowany, zmieniłem wykład, jaki wygłaszałem dla moich studentów pierwszego roku. Od tego czasu wyjaśniałem na rozmaitych wykładach publicznych, że wszyscy mamy geny neandertalskie, włącznie z ludźmi pochodzenia afro karaibskiego.


Teraz okazuje się, że nie jest to prawda.


Autorzy opublikowali notę o błędzie, żeby wyjaśnić, gdzie powstał błąd, wraz z aktualną wersją wykresów i tabel. Jeśli chcecie technicznego wyjaśnienia, oto ono:

Skrypt niezbędny do przekonwertowania danych wejściowych wyprodukowanych przez  samtools v0.1.19, by były kompatybilne z PLINK, nie został włączony przy połączeniu prastarego genomu, Mota, z macierzą SNP, prowadząc do tego, że pozycje homozygotyczne do ludzkiego genomu odnośnikowego zostały pominięte jako „brakujące dane”  

A znaczy to, że zapomnieli włączyć pewien program komputerowy (“skrypt”), który zharmonizowałby dane wyjściowe dwóch różnych programów użytych do analizy Mota i współczesnej populacji subsaharyjskiej. Kiedy zrobili to, większość efektu zniknęła.


Jak wyjaśnia Ewan Callaway, błąd wyszedł na jaw, kiedy dwóch badaczy, Pontus Skoglund i David Reich próbowali powtórzyć badanie, przeprowadzając własną analizę genomu Mota. Nie udało im się i zaalarmowali autorów oryginalnego badania, którzy wkrótce znaleźli błąd. W sposób wzorowy poinformowali wszystkich o swoim błędzie i poprawili swoje dane.


Wniosek jest taki, że chociaż była migracja z powrotem do Afryki (rozkosznie nazywana “przepływem zwrotnym”), była ona znacznie mniej rozległa pod względem geograficznym niż twierdzili autorzy. Europejskie geny, jakie miał Mota, nie przepłynęły całą drogę w dół Afryki i dzisiejsze populacje subsaharyjskie nie mają nieoczekiwanie wysokich poziomów DNA europejskiego, a więc i neandertalskiego. Nie jesteśmy wszyscy neandertalczykami.


Poniższe dwie ilustracje pokazują różnice w analizach. Pierwsza jest z artykułu z października 2015 r., druga, poprawiona wersja jest z Erraty:


Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ
Mapa pokazująca proporcję zachodnio euroazjatyckiego składnika, λMota,LBK, na kontynencie afrykańskim. (Gallego Lllorente et al. 2015). TE DANE SĄ BŁĘDNE – PORÓWNAJ Z ILUSTRACJĄ PONIŻEJ



Wiele nauk z tego wynika. Przede wszystkim, czapki z głów dla Llorente i zespołu, autorów oryginalnego badania, za powszechne udostępnienie swoich danych, żeby lekko zdziwieni naukowcy, tacy jak Skoglund i Reich, mogli zbadać to, co wydawało im się nieprawdopodobnym wynikiem. I jeszcze więcej pochwał za tak szybkie opublikowanie sprostowania. Tak działa nauka – jeśli coś wydaje się dziwaczne i jest niepoprawne, powinno zostać poprawione przez nieodłączne od nauki kwestionowanie w oparciu o eksperymenty.


Jest tu jeszcze jedna nauka. Wiele nowoczesnych badań opiera się na skomplikowanych analizach, które mogą być trudne do zrozumienia dla ludzi spoza grupy badawczej, która je prowadziła. Wiele więc przyjmuje się na słowo; gdyby wynik nie był niezwykły, błąd mógłby nigdy nie wyjść na jaw. Miałem podobny problem, kiedy ekscytujące wyniki, jakie znaleźliśmy, okazały się artefaktem stworzonym przez błąd w skrypcie komputerowym. Chociaż praca nie była opublikowana i nie musieliśmy jej wycofywać, prawdopodobnie zmarnowaliśmy około 18 miesięcy, podniecając się czymś, czego tam nie było…


Na koniec – co z moimi studentami? Powiedziałem im o artykule o Mota i o tym, jak wszyscy mają geny neandertalskie, także ci o pochodzeniu afro karaibskim. Oczywiście zmienię wykład w przyszłym roku, ale moi studenci – z których wielu nie będzie więcej uczęszczało na żadne kursy o ewolucji człowieka – mogą nigdy nie odkryć, że to, co im powiedziałem, było błędne. I co ze studentami w przyszłym roku? Czy mam im opowiedzieć całą historię jako przykład, jak działa nauka? Jeśli tak, to wiem z gorzkiego doświadczenia, że pokaźna liczba wśród nich zapamięta błędny wynik, nie zaś lekcję o nauce. Myślę, że nie poruszę tego na wykładzie, ale zamieszczę link do tego postu i do postu z października. Do postu z października dodam także odnośnik do tej poprawki.


We are not all neanderthal. This is how science proceeds

Why Evolution Is True, 30 stycznia 2016

Tłumaczenie: Małgorzata Koraszewska



Matthew Cobb

Biolog i pisarz, mieszka i pracuje w Manchesterze, niedawno w Stanach Zjednoczonych ukazała się jego książka „Generation”, a w Wielkiej Brytanii „The Egg & Sperm Race”. Systematycznie publikuje w "LA Times", "Times Literary Supplement", oraz "Journal of Experimental Biology".


Skomentuj Tipsa en vn Wydrukuj






Nauka

Znalezionych 1470 artykuły.

Tytuł   Autor   Opublikowany

„Grubogłowi przedsiębiorcy pogrzebowi w noc żywych trupów”   Júnior   2022-05-31
„Gryzoń skunksowy”, który żuje trujące rośliny i wypluwa truciznę na swoje futro   Coyne   2020-12-02
„Kryzys klimatyczny” to mistyfikacja   Williams   2023-09-25
„Najbardziej znany zabójca ludzi”: jakie są prawdziwe początki XIV-wiecznej Czarnej Śmierci?   Lewis   2023-09-15
„New Yorker” pisze o hoacynie, sugeruje, że koncepcja Darwina drzew ewolucyjnych może być urojeniem   Coyne   2022-07-25
„San Francisco Chronicle” bardzo myli się w sprawie biologicznej płci   Coyne   2023-06-09
„Zapylisz mnie!”: nachalni bohaterowie świata roślin   Júnior   2022-06-11
“Czarne tygrysy” w małym indyjskim rezerwacie sugerują losowy dryf genetyczny   Coyne   2021-10-26
“Daily Beast” wypacza epigenetykę oszukańczymi twierdzeniami, że dzieci mogą “odziedziczyć wspomnienia Holocaustu”   Coyne   2017-10-05
“Konwergentna” ewolucja mrówek grzybiarek Starego i Nowego świata   Coyne   2023-03-23
“Odwrócenie specjacji” (fuzja gatunków) u kruków   Coyne   2018-03-16
“Partenogenetyczny” rak rozmnaża się bez seksu: czy to jest nowy gatunek?   Coyne   2018-02-17
“Rogi” trylobitów mogły być używane jako broń w walkach między samcami   Coyne   2023-02-15
“Scientific American” poświęca się polityce, a nie nauce; odmawia publikowania krytycznych analiz swoich fałszywych lub wprowadzających w błąd twierdzeń   Coyne   2022-09-01
“Współczesny” Homo sapiens mógł być w Eurazji aż 210 tysięcy lat temu   Coyne   2019-07-17
‘Raniąca’ idea merytorycznych podstaw nauki    i Jerry Coyne   2023-05-29
 Syntetyczna biologia oferuje obietnicę rozwiązania globalnego problemu z plastikiem   Agaba   2021-12-13
10 twierdzeń działaczy walczących w Afryce z GMO o tym, dlaczego postępy w biotechnologii upraw powinny zostać odrzucone – i dlaczego są one błędne   Maina   2022-11-17
100 milionów lat ozdabiania się śmieciami   Yong   2016-07-05
12 podstawowych punktów biologii ewolucyjnej   Cobb   2016-03-02
Pseudonauka Masaru Emoto   Novella   2017-12-18
Czy „toksyczna kobiecość” jest główną przyczyną bojów o społeczną sprawiedliwość?   Coyne   2021-02-08
Paradoksalne cechy genetyki inteligencji   Ridley   2013-12-18
“New Scientist”: Darwin jednak miał rację    Coyne   2020-10-01
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 1. Genetyczna plastyczność    Coyne   2020-10-03
Intelektualna pustka numeru “New Scientist” o ewolucji: 2. Rzekome nieistnienie gatunków   Coyne   2020-10-05
Klasyczna historia skorygowana: porosty to grzyby + glony + drożdże (inne grzyby)   Coyne   2016-08-05
Homo floresiensis, hominin “hobbit”, w Internecie   Coyne   2016-11-25
No pasarán    Tonhasca Júnior   2023-03-04
Strzelby, zarazki, maszyny to zdecydowanie antyrasistowska książka. Dlaczego lewica jej nie kocha?   Barnett   2021-10-13
„ Całujące się” koralowce złapane in flagranti   Yong   2016-07-28
”Sygnalizowanie cnoty” może nas irytować. Cywilizacja byłaby jednak bez niego niemożliwa    Miller   2019-09-13
A jednak chorują na raka    Łopatniuk   2016-02-13
Czyste okrucieństwo cięć w pomocy żywnościowej   Lomborg   2017-08-07
Dalszy spadek zgonów z powodu raka   Novella   2019-02-04
Dlaczego mamy alergie?   Zimmer   2016-01-28
Dlaczego sądy nie powinny rozstrzygać o nauce     2018-12-13
Dlaczego większość zasobównie wyczerpuje się   Ridley   2014-05-04
Dlaczego zwierzęta są urocze?   Coyne   2014-12-30
Dziennik z Mozambiku: Demony w kurzu   Naskręcki   2018-03-30
Dziwaczne, wysysające krew czerwie jurajskie   Cobb   2014-06-28
Ewolucja, ptaki i kwiaty   Coyne   2014-06-02
Gigantyczne “paleonory” wykopane przez wymarłe ssaki   Coyne   2017-06-29
Grupy anty-GMO przegrywają sprawę sądową w Nigerii    i Nkechi Isaak   2022-07-30
Jak karakara wygrywa z osami   Cobb   2013-12-29
Kiedy zapada noc i ziemia jest ciemna   Tonhasca Júnior   2023-02-10
Kilka lekcji z rosyjskiej rewolucji. Jak kuszący radykalny nihilizm prowadzi do ekstremizmu   Geifman   2021-03-22
Komisja Europejska ukrywa naukę o pszczołach   Ridley   2017-05-03
Malaria pachnąca cytryną    Zimmer   2015-04-07
Małpo ty moja   Koraszewski   2015-04-17
Metamorfozy    Júnior   2022-04-09
Minęło 40 lat od wydania „Samolubnego genu” – śmiała książka Richarda Dawkinsa ostała się próbie czasu   Ridley   2016-02-17
Niezwykły pasikonik szklany   Naskręcki   2014-05-27
Nowe badanie wskazuje na jednego oszusta   Coyne   2016-08-18
Nowy i dziwaczny rodzaj mimikry: nasiona rośliny naśladują kształt i zapach odchodów zwierzęcych, by ułatwić roznoszenie ich przez żuki gnojowe   Coyne   2015-10-20
O porażkach wolności i lęku przed nauką   Dennett   2016-05-20
O rzeczywistości rasy i odrazie do rasizmu    i Brian Boutwell   2017-09-04
Obniżenie poprzeczki dla tradycyjnej medycyny chińskiej dla ideologii i zysku     2017-12-29
Olbrzymie armie o niezliczonych umiejętnościach    Tonhasca Júnior   2024-02-08
Osobisty mikrobiom w cyfrach   Zimmer   2014-08-14
Ostrogony nie są naprawdę “żywymi skamieniałościami”    Coyne   2015-07-29
Palestyńska intersekcjonalność z nazistami   Frantzman   2017-07-08
Pochwała ignorancji, czyli wiem, że nie wiem   Cullen   2017-01-11
Przykre niespodzianki, czyli czerniak i siwizna   Łopatniuk   2015-08-01
Przypuszczalnie złamana kość    Coyne   2015-06-04
Rozum i Wiara IICzyli takie sobie rozmowy o religijnych „prawdach” i problemach z nimi związanych.   Ferus   2015-11-22
Ryba z biodrami   Mayer   2016-03-30
Siedem narzędzi myślenia   Dennett   2014-11-19
Skrzydlaci oszuści i straż obywatelska   Young   2014-01-02
Tako rzecze antyszczepionkowa “wojowniczka mama”, Brittney Kara: jeśli szczepionki są tak wspaniałe, to dlaczego nie wspomina ich Biblia?     2018-04-26
Twardy kwiat do zgryzienia    Tonhasca Júnior   2023-02-22
Wielkoskrzydłe   Naskręcki   2014-04-02
Wierzący nagradzani za życia   Coyne   2014-12-21
Wpaść w amok. Empiryczna analiza szaleńczych zabójstw pokazuje, że wyłaniają się dwa różne wzorce.   King   2023-06-03
Wątpliwi pomocnicy    Tonhasca Júnior   2023-04-08
Świetna ewolucyjna innowacjaktóra okazała się zgubna   Yong   2015-12-10
Dlaczego odmawiamy dostrzegania jaśniejszej strony, choć powinniśmy   Pinker   2018-04-17
Krew, znój, łzy i pot   Tonhasca Júnior   2023-01-19
Mądrość w pułapce autorytetu   Witkowski   2020-04-18
Po prostu nie mogę się doczekać, aby znów wyruszyć w trasę   Tonhasca Júnior   2022-10-27
Pochwała jednoznaczności   Witkowski   2019-10-29
Z perspektywy naszego kurnika   Witkowski   2020-01-16
A co to takie włochate?   Łopatniuk   2016-04-02
A genomy ciągle kurczą się…   Zimmer   2016-11-22
A teraz dobre wiadomości: Sprawy naprawdę idą w dobrym kierunku   Pinker   2015-11-24
A polać wielką wodą…   Cipiur   2019-05-18
A.N. Wilson znowu kopie Darwina, tym razem w “Times”   Coyne   2017-09-07
Adam i Ewa: dwoje, czy więcej niż dwoje przodków?   Coyne   2017-01-07
Afrykańscy naukowcy wzywają do polityki poparcia biologii syntetycznej i innych innowacji   Agaba   2021-12-02
Agroekologia zmienia biednych farmerów w biedniejszych   Muhumuza   2022-06-09
AI – asystent lekarza   Novella   2020-12-09
AI: gorąca randka z “Sydneyem ”   Gotefridi   2023-03-15
Akademicki skandal: troje badaczy umyślnie publikowało fałszywe artykuły o „badaniach żałości”, by pokazać fatalne standardy akademickie w naukach społecznych   Coyne   2018-10-12
Akcja afirmatywna w wieloetnicznym narodzie   Hyams   2020-07-17
Aktywacja telomerazy mogłaby prowadzić do leczenia samej starości   Ridley   2015-10-27
Aktywiści anty-GMO w Afryce szerzą mity i strach, ale nie przedstawiają żadnych naukowych dowodów   Abutu   2023-08-14
Aktywność umysłowa nie zapobiega osłabieniu umysłowej sprawności   Novella   2018-12-15
Akupunktura jadu pszczelego: śmiercionośne znachorstwo, które może zabić     2018-04-23
Akupunktura kontra nauka, wersja lingwistyczna     2017-06-01
Akupunktura kwantowa   Novella   2019-04-23

« Poprzednia strona  Następna strona »
Polecane
artykuły

Lekarze bez Granic


Wojna w Ukrainie


Krytycy Izraela


Walka z malarią


Przedwyborcza kampania


Nowy ateizm


Rzeczywiste łamanie


Jest lepiej


Aburd


Rasy - konstrukt


Zielone energie


Zmiana klimatu


Pogrzebać złudzenia Oslo


Kilka poważnych...


Przeciwko autentyczności


Nowy ateizm


Lomborg


„Choroba” przywrócona przez Putina


„Przebudzeni”


Pod sztandarem


Wielki przekret


Łamanie praw człowieka


Jason Hill


Dlaczego BIden


Korzenie kryzysu energetycznego



Obietnica



Pytanie bez odpowiedzi



Bohaterzy chińskiego narodu



Naukowcy Unii Europejskiej



Teoria Rasy



Przekupieni



Heretycki impuls



Nie klanial



Cervantes



Wojaki Chrystusa


Listy z naszego sadu
Redaktor naczelny:   Hili
Webmaster:   Andrzej Koraszewski
Współpracownicy:   Jacek, , Małgorzata, Andrzej, Henryk